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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 【求助成功】vc-relax优化后的
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改王之王

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助成功】vc-relax优化后的

昨天试了试vc-relax优化，但是优化后输出的结果只有cell-parameter，和晶胞体积，和原子坐标输出…………请问从中如何看出晶格常数是如何变化的…………

[ Last edited by 改王之王 on 2011-4-3 at 10:04 ]
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1楼2011-04-02 08:58:03
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
3楼: Originally posted by souledge at 2011-04-01 14:05:40:
cell-parameter不就是晶格常数么？比如cell-parameter的单位为alat=x，则x就是晶格常数的基数，其单位为Bohr。
然后，比如cell-parameter的第一行，意义为a方向的矢量，从左到右三个数分别代表：
1->在迪卡尔 ...

请问您这个转换方法的来源是哪里？因为我在用另外一个不同的转换方法，即我认为CELL PARAMETERS下面的三行并不是cell parameters, 而是cell vectors, 比如：
CELL_PARAMETERS (alat= 19.80400009)
   0.997610862   0.000000000  -0.003022554
   0.000000000   0.596367719   0.000000000
  -0.257837471   0.000000000   1.127252205
假如上面的矩阵元素依次为
x1, y1, z1
x2, y2, z2
x3, y3, z3

那么，先做一个转化，即上面矩阵的所有元素都乘以alat，得到绝对值，然后，

A = x1^2 + y1^2 + z1^2
B = x2^2 + y2^2 + z2^2
C = x3^2 + y3^2 + z3^2

cos(alpha) = (B^2 +C^2 - |BC|^2) / 2*B*C
cos(beta)  = (A^2 +C^2 - |AC|^2) / 2*A*C
cos(gama)  = (A^2 +B^2 - |AB|^2) / 2*A*B

其中，
|AB|^2 = (x2-x1)^2 + (y2-y1)^2 + (z2-z1)^2
|BC|^2 = (x3-x2)^2 + (y3-y2)^2 + (z3-z2)^2
|AC|^2 = (x3-x1)^2 + (y3-y1)^2 + (z3-z1)^2

这个显然跟你的算法不一样，不知道拿一个是正确的。我还没有检验，应该很简单，在excell里面很容易建立这样的转化。附件是我用Linux下的openoffice建立的转化表格。希望论坛里的朋友验证一下。
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16楼2011-09-14 05:04:58
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by souledge at 2011-04-01 14:05:40:
cell-parameter不就是晶格常数么？比如cell-parameter的单位为alat=x，则x就是晶格常数的基数，其单位为Bohr。
然后，比如cell-parameter的第一行，意义为a方向的矢量，从左到右三个数分别代表：
1->在迪卡尔 ...

请问您这个转换方法的来源是哪里？因为我在用另外一个不同的转换方法，即我认为CELL PARAMETERS下面的三行并不是cell parameters, 而是cell vectors, 比如：
CELL_PARAMETERS (alat= 19.80400009)
   0.997610862   0.000000000  -0.003022554
   0.000000000   0.596367719   0.000000000
  -0.257837471   0.000000000   1.127252205
假如上面的矩阵元素依次为
x1, y1, z1
x2, y2, z2
x3, y3, z3
如果我们把上面的每一行看成是晶胞每个边的顶点的坐标值，则很容易根据向量的长度公式和夹角公式得到晶胞参数。

即，首先做一个转化，把上面矩阵的所有元素都乘以alat，得到绝对值，然后，

A = x1^2 + y1^2 + z1^2
B = x2^2 + y2^2 + z2^2
C = x3^2 + y3^2 + z3^2

cos(alpha) = (B^2 +C^2 - |BC|^2) / 2*B*C
cos(beta)  = (A^2 +C^2 - |AC|^2) / 2*A*C
cos(gama)  = (A^2 +B^2 - |AB|^2) / 2*A*B

其中，
|AB|^2 = (x2-x1)^2 + (y2-y1)^2 + (z2-z1)^2
|BC|^2 = (x3-x2)^2 + (y3-y2)^2 + (z3-z2)^2
|AC|^2 = (x3-x1)^2 + (y3-y1)^2 + (z3-z1)^2

求夹角alpha要做一个弧度变换，即
alpha = arccos[cos(alpha)*]

这个显然跟你的算法不一样，不知道拿一个是正确的。我还没有检验，应该很简单，在excell里面很容易建立这样的转化。附件是我分别用Microsoft Excel和Linux下的openoffice建立的转化表格。希望论坛里的朋友验证一下。[ Last edited by ChemiAndy on 2011-9-13 at 09:45 ]
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17楼2011-09-14 05:05:30
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
uuv2010(金币+1): 多谢分享 2011-09-24 10:49:38
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2011-09-13 09:05:30:
请问您这个转换方法的来源是哪里？因为我在用另外一个不同的转换方法，即我认为CELL PARAMETERS下面的三行并不是cell parameters, 而是cell vectors, 比如：
CELL_PARAMETERS (alat= 19.80400009)
   0.9 ...

经验证，上面的计算方法是正确的，并且与前面说的计算方法完全等效。

验证过程是这样的，建一个输入文件，使用A/B/C/cosBC/cosAC/cosAB，然后跑pw.x，把pwscf计算的矩阵放到我的excell表格中，计算出来的A/B/C/cosBC/cosAC/cosAB与输入文件完全一致。所以上面excell表格中的转换是正确的。
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18楼2011-09-24 03:07:16
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