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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » QE(Pwscf) » 【求助成功】vc-relax优化后的
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改王之王

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助成功】vc-relax优化后的

昨天试了试vc-relax优化，但是优化后输出的结果只有cell-parameter，和晶胞体积，和原子坐标输出…………请问从中如何看出晶格常数是如何变化的…………

[ Last edited by 改王之王 on 2011-4-3 at 10:04 ]
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1楼 2011-04-02 08:58:03
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★
sunyang1988(金币+1): 谢谢补充说明 2011-04-02 10:07:55
另外说一下，如果实在不想计算的，也可以使用XCrySDen打开vc-relax优化之后的结果文件，可以看到每一步的晶格变化过程，自然也可以看到最终晶格结构。
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4楼2011-04-02 10:07:27
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newton3915

铁杆木虫 (正式写手)
同问
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2楼2011-04-02 09:36:39
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★ ★ ★ ★
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sunyang1988(金币+3): 谢谢指点 2011-04-02 10:07:45
zzy870720z(1ST强帖+1): 很详细，呵呵 2011-04-02 14:15:51
改王之王(金币+3): 感谢…………这下理解了……呵呵 2011-04-03 10:03:35
cell-parameter不就是晶格常数么？比如cell-parameter的单位为alat=x，则x就是晶格常数的基数，其单位为Bohr。
然后，比如cell-parameter的第一行，意义为a方向的矢量，从左到右三个数分别代表：
1->在迪卡尔坐标系中x轴上投影长度，单位是alat。
2->与迪卡尔坐标中y轴夹角的余弦。
3->与迪卡尔坐标中z轴夹角的余弦。
这里一定要分清楚作为参考系的迪卡尔坐标和晶向a,b,c，是不一定重合的，所以才有了夹角和投影长度。所以，通过该cell-parameter可以回推晶格的变化。
其实CASTEP里也用了同样的方法表示晶格，只不过CASTEP最后还把这个表示方法做成了xsd模型图，看起来一目了然了而已~
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3楼2011-04-02 10:05:40
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改王之王

金虫 (正式写手)
zzy870720z: 如果问题解决，请帮忙吧标题求助修改为求助成功，谢谢合作 2011-04-02 17:18:46
引用回帖:
Originally posted by souledge at 2011-04-02 10:07:27:
另外说一下，如果实在不想计算的，也可以使用XCrySDen打开vc-relax优化之后的结果文件，可以看到每一步的晶格变化过程，自然也可以看到最终晶格结构。

大感谢，很详细的回复，我用xcrysden看了变化的过程，不过好像看不到晶格常数，我画个坐标系研究一下…………算一下角度和晶格常数…………呵呵
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5楼2011-04-02 16:44:22
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goldenfisher

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-04-02 21:08:55
改王之王(金币+3): 研究后…………现在明白了……呵呵 2011-04-03 10:03:56
晶格常数肯定是有的，除非你用的是不知道哪个老版本。
此外，cell_parameter有了，体积也会给出来，这样算晶格常数不是很容易的事情吗？
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6楼2011-04-02 20:56:34
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改王之王

金虫 (正式写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢总结 2011-04-03 10:34:58
现在明白了…………大感谢几位的热心解答…………
现在明白了，特别是对于直角坐标更好解释
例如
CELL_PARAMETERS (alat=  6.22300000)
   0.997142196   0.000000000   0.000000000
  -0.498571098   0.863550473  -0.000000000
   0.000000000  -0.000000000   1.611099270
第一排只有第一列有值，就说明晶格常数a只在x轴上有投影，即acosθ=0.997，这时θ=0，所以a=0.977,然后在乘以6.223得6.205bohr就是a的晶格常数了…………
我用的xcrysden是1.4.1好像没这个功能，我下个新的试试…………呵呵
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7楼2011-04-03 10:18:04
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souledge

专家顾问 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by 改王之王 at 2011-04-03 10:18:04:
现在明白了…………大感谢几位的热心解答…………
现在明白了，特别是对于直角坐标更好解释
例如
CELL_PARAMETERS (alat=  6.22300000)
   0.997142196   0.000000000   0.000000000
  -0.498571098   0.863 ...

哦？做的六方晶系的东西呢？
另外，XCrySDen 1.4不支持x86_64吧~至少使用起来各种库问题很多……但是最新版本的1.5.x就没问题~

[ Last edited by souledge on 2011-4-3 at 12:43 ]
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8楼2011-04-03 12:42:38
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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Originally posted by souledge at 2011-04-03 12:42:38:
哦？做的六方晶系的东西呢？
另外，XCrySDen 1.4不支持x86_64吧~至少使用起来各种库问题很多……但是最新版本的1.5.x就没问题~

[ Last edited by souledge on 2011-4-3 at 12:43 ]

老兄有1.5.x windows版的吗？官网上下不了了
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9楼2011-04-03 21:07:05
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souledge

专家顾问 (著名写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zzy870720z at 2011-04-03 21:07:05:
老兄有1.5.x windows版的吗？官网上下不了了

没有……一直都是用的Linux版~官网上似乎很早就不给Win32版的下载了……
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10楼2011-04-03 23:38:43
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by souledge at 2011-04-03 23:38:43:
没有……一直都是用的Linux版~官网上似乎很早就不给Win32版的下载了……

哦，呵呵，多谢了啊
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11楼2011-04-03 23:39:44
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souledge

专家顾问 (著名写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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Originally posted by zzy870720z at 2011-04-03 23:39:44:
哦，呵呵，多谢了啊

不知道直接下载原码版，能不能在Windows下编译啊~没用过Windows下的*nix环境，不敢乱说~
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12楼2011-04-03 23:50:45
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zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by souledge at 2011-04-03 23:50:45:
不知道直接下载原码版，能不能在Windows下编译啊~没用过Windows下的*nix环境，不敢乱说~

有空了试试吧，编译好像很麻烦，呵呵
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13楼2011-04-04 08:43:29
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meng303

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
进来学习的，能提供个vc-relax输入文件的例子吗？  谢谢
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14楼2011-04-09 14:59:04
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gemucai

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
既然知道体积了，根据晶格类型算晶格常数也不是难事
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15楼2011-05-10 08:03:26
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
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3楼: Originally posted by souledge at 2011-04-01 14:05:40:
cell-parameter不就是晶格常数么？比如cell-parameter的单位为alat=x，则x就是晶格常数的基数，其单位为Bohr。
然后，比如cell-parameter的第一行，意义为a方向的矢量，从左到右三个数分别代表：
1->在迪卡尔 ...

请问您这个转换方法的来源是哪里？因为我在用另外一个不同的转换方法，即我认为CELL PARAMETERS下面的三行并不是cell parameters, 而是cell vectors, 比如：
CELL_PARAMETERS (alat= 19.80400009)
   0.997610862   0.000000000  -0.003022554
   0.000000000   0.596367719   0.000000000
  -0.257837471   0.000000000   1.127252205
假如上面的矩阵元素依次为
x1, y1, z1
x2, y2, z2
x3, y3, z3

那么，先做一个转化，即上面矩阵的所有元素都乘以alat，得到绝对值，然后，

A = x1^2 + y1^2 + z1^2
B = x2^2 + y2^2 + z2^2
C = x3^2 + y3^2 + z3^2

cos(alpha) = (B^2 +C^2 - |BC|^2) / 2*B*C
cos(beta)  = (A^2 +C^2 - |AC|^2) / 2*A*C
cos(gama)  = (A^2 +B^2 - |AB|^2) / 2*A*B

其中，
|AB|^2 = (x2-x1)^2 + (y2-y1)^2 + (z2-z1)^2
|BC|^2 = (x3-x2)^2 + (y3-y2)^2 + (z3-z2)^2
|AC|^2 = (x3-x1)^2 + (y3-y1)^2 + (z3-z1)^2

这个显然跟你的算法不一样，不知道拿一个是正确的。我还没有检验，应该很简单，在excell里面很容易建立这样的转化。附件是我用Linux下的openoffice建立的转化表格。希望论坛里的朋友验证一下。
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16楼2011-09-14 05:04:58
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by souledge at 2011-04-01 14:05:40:
cell-parameter不就是晶格常数么？比如cell-parameter的单位为alat=x，则x就是晶格常数的基数，其单位为Bohr。
然后，比如cell-parameter的第一行，意义为a方向的矢量，从左到右三个数分别代表：
1->在迪卡尔 ...

请问您这个转换方法的来源是哪里？因为我在用另外一个不同的转换方法，即我认为CELL PARAMETERS下面的三行并不是cell parameters, 而是cell vectors, 比如：
CELL_PARAMETERS (alat= 19.80400009)
   0.997610862   0.000000000  -0.003022554
   0.000000000   0.596367719   0.000000000
  -0.257837471   0.000000000   1.127252205
假如上面的矩阵元素依次为
x1, y1, z1
x2, y2, z2
x3, y3, z3
如果我们把上面的每一行看成是晶胞每个边的顶点的坐标值，则很容易根据向量的长度公式和夹角公式得到晶胞参数。

即，首先做一个转化，把上面矩阵的所有元素都乘以alat，得到绝对值，然后，

A = x1^2 + y1^2 + z1^2
B = x2^2 + y2^2 + z2^2
C = x3^2 + y3^2 + z3^2

cos(alpha) = (B^2 +C^2 - |BC|^2) / 2*B*C
cos(beta)  = (A^2 +C^2 - |AC|^2) / 2*A*C
cos(gama)  = (A^2 +B^2 - |AB|^2) / 2*A*B

其中，
|AB|^2 = (x2-x1)^2 + (y2-y1)^2 + (z2-z1)^2
|BC|^2 = (x3-x2)^2 + (y3-y2)^2 + (z3-z2)^2
|AC|^2 = (x3-x1)^2 + (y3-y1)^2 + (z3-z1)^2

求夹角alpha要做一个弧度变换，即
alpha = arccos[cos(alpha)*]

这个显然跟你的算法不一样，不知道拿一个是正确的。我还没有检验，应该很简单，在excell里面很容易建立这样的转化。附件是我分别用Microsoft Excel和Linux下的openoffice建立的转化表格。希望论坛里的朋友验证一下。[ Last edited by ChemiAndy on 2011-9-13 at 09:45 ]
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17楼2011-09-14 05:05:30
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★ ★
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uuv2010(金币+1): 多谢分享 2011-09-24 10:49:38
引用回帖:
2楼: Originally posted by ChemiAndy at 2011-09-13 09:05:30:
请问您这个转换方法的来源是哪里？因为我在用另外一个不同的转换方法，即我认为CELL PARAMETERS下面的三行并不是cell parameters, 而是cell vectors, 比如：
CELL_PARAMETERS (alat= 19.80400009)
   0.9 ...

经验证，上面的计算方法是正确的，并且与前面说的计算方法完全等效。

验证过程是这样的，建一个输入文件，使用A/B/C/cosBC/cosAC/cosAB，然后跑pw.x，把pwscf计算的矩阵放到我的excell表格中，计算出来的A/B/C/cosBC/cosAC/cosAB与输入文件完全一致。所以上面excell表格中的转换是正确的。
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18楼2011-09-24 03:07:16
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改王之王

金虫 (正式写手)
刚看到回帖…………学习了…………呵呵
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19楼2011-09-24 08:13:36
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Master陈超

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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4楼: Originally posted by souledge at 2011-04-02 10:07:27
另外说一下，如果实在不想计算的，也可以使用XCrySDen打开vc-relax优化之后的结果文件，可以看到每一步的晶格变化过程，自然也可以看到最终晶格结构。

请问如何用XCrySDen查看cp.x输出文件啊？
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20楼2019-01-02 22:12:12
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