版块导航: 正在加载中...

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

cy0010

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1
散金: 2
帖子: 64
在线: 115.6小时
虫号: 1227940
注册: 2011-03-10
性别: MM
专业: 生物大分子结构与功能

[交流] 【求助】请问DS 同源建模以后,需要进行LOOP优化吗? 已有2人参与

请问DS 同源建模以后,需要进行LOOP优化吗?
我同时也使用了MODELLER进行了建模,但发现LOOP优化后,模型三级结构变的和摸板差异很大,球型蛋白,变成了长的了!

如果摸板和我需要建摸的蛋白一级序列差异不大(80%左右同源性),请问,是否同源建摸后,二者的二级,三级结构会有较大差异吗?

回复此楼

» 猜你喜欢

售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急已经有10人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急已经有5人回复
有多少人是今天查系统知道结果的？已经有18人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急已经有12人回复
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急已经有3人回复
中青基了要发朋友圈吗？已经有4人回复
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急已经有4人回复
国社科申报系统有变化已经有3人回复
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急已经有5人回复
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急已经有3人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

同源建模--生物信息学投稿已经有4人回复
》》RHF优化水分子比UHF优化水分子构型Cpu-time长？《《已经有14人回复
请问哪里有樟脑入药的药方已经有3人回复
同源建模需要准备哪些资料已经有5人回复
求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢已经有11人回复
求助：本人新手，想分段同源建模，不知道用什么软件和方法？已经有11人回复
有关MS 的建模优化及计算的一些问题已经有6人回复
swiss model上怎么做二聚体的同源建模已经有5人回复
【求助】在swiss model 同源建模以后得到的结果怎么分析已经有8人回复
【求助】从同源建模开始，一个完整的分子对接实验需要多久？已经有7人回复
【讨论】分子模拟还是同源建模已经有16人回复
【求助】DS160表打印已经有3人回复
【求助】蛋白质建模没有同源模板怎么解决？已经有11人回复
【求助】怎么通知外导名单确定的消息已经索要ds2019表已经有27人回复

1楼 2011-03-17 11:47:06

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

flyingcity

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 170.5
帖子: 8
在线: 2.3小时
虫号: 119883
注册: 2005-11-28
性别: GG
专业: 药物设计与药物信息

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-03-20 22:32:16
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-03-20 22:32:25

看同源率，如果整体大于80%，可不用优化，如果整体30%多，结合位点在80%以上，可根据晶体的B-facter，也就是温度系数，由高到低逐步放松限制来优化，但结合位点一定要控制，不能在初期放松，任由其跑动。

赞一下(3人)

回复此楼

3楼2011-03-19 09:51:24

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 3 个回答

qixingbao07

木虫 (正式写手)

模拟EPI: 4
应助: 0 (幼儿园)
金币: 4025.6
红花: 6
帖子: 595
在线: 164.1小时
虫号: 551931
注册: 2008-04-28
专业: 药物设计与药物信息

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-03-20 22:32:22

我猜如果模板相似性比较大。可以固定主链，优化侧链，甚至不用优化

赞一下(2人)

回复此楼

2楼2011-03-19 08:25:45

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

查看全部 3 个回答

最具人气热帖推荐 [查看全部]		作者	回/看	最后发表

[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4	ASdOkHsho7FD 2026-08-28	5/250	2026-08-30 00:41 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 投票: 有多少人是今天查系统知道结果的？ +16	爱看书的可乐 2026-08-26	18/900	2026-08-30 00:33 by winsaint
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +4	349506619 2026-08-28	4/200	2026-08-29 22:41 by alongwaytogo
[基金申请] 国社科申报系统有变化 +3	kynobel 2026-08-23	3/150	2026-08-29 21:57 by 余韵清
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3	gy1nBQXYQJqL 2026-08-29	5/250	2026-08-29 21:22 by 4qO8zhfjr2AX
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3	gy1nBQXYQJqL 2026-08-29	6/300	2026-08-29 21:22 by 4qO8zhfjr2AX
[基金申请] 面上意见出来了 +8	黄鸟于飞Chao 2026-08-29	16/800	2026-08-29 20:45 by 黄鸟于飞Chao
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15	晴天加油 2026-08-26	16/800	2026-08-29 18:28 by symmetry
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4	ASdOkHsho7FD 2026-08-28	6/300	2026-08-29 17:30 by 4FFAWE8HcgUD
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3	ASdOkHsho7FD 2026-08-28	4/200	2026-08-29 14:13 by jCd0dEvKHShX
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +5	gdd2018 2026-08-28	10/500	2026-08-29 14:10 by Jacob678
[基金申请] 国自然评审意见 +13	wangmingqi 2026-08-28	19/950	2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4	bud_bud 2026-08-27	7/350	2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 怎么查啊 +6	huang1991js 2026-08-26	6/300	2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5	ssyjh 2026-08-27	5/250	2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 我不理解！ +15	Edward_pc 2026-08-26	23/1150	2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4	bjdxyxy 2026-08-26	4/200	2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7	一怀馨秋 2026-08-26	7/350	2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10	chengyan1220 2026-08-24	20/1000	2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6	chengyan1220 2026-08-23	6/300	2026-08-25 19:45 by zfd97