应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请问DS 同源建模以后,需要进行LOOP优化吗?
51/1返回列表
查看: 1102  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

cy0010

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请问DS 同源建模以后,需要进行LOOP优化吗? 已有2人参与

请问DS 同源建模以后,需要进行LOOP优化吗?
我同时也使用了MODELLER进行了建模,但发现LOOP优化后,模型三级结构变的和摸板差异很大,球型蛋白,变成了长的了!

如果摸板和我需要建摸的蛋白一级序列差异不大(80%左右同源性),请问,是否同源建摸后,二者的二级,三级结构会有较大差异吗?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-03-17 11:47:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flyingcity

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-03-20 22:32:16
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-03-20 22:32:25
看同源率，如果整体大于80%，可不用优化，如果整体30%多，结合位点在80%以上，可根据晶体的B-facter，也就是温度系数，由高到低逐步放松限制来优化，但结合位点一定要控制，不能在初期放松，任由其跑动。
赞一下(3人) 回复此楼
3楼2011-03-19 09:51:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答

qixingbao07

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-03-20 22:32:22
我猜如果模板相似性比较大。可以固定主链，优化侧链，甚至不用优化
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-03-19 08:25:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 3 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 5/250 2026-08-30 19:46 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +5 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 7/350 2026-08-30 19:45 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 3/150 2026-08-30 19:26 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 6/300 2026-08-30 19:13 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 5/250 2026-08-30 18:40 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 18:17 by hZiFeudZyoGR
[博后之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +7 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 8/400 2026-08-30 18:07 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 17:47 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 14/700 2026-08-30 17:01 by hZiFeudZyoGR
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +6 德尚中行 2026-08-27 7/350 2026-08-30 12:53 by Bxndjjd
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 06:57 by ZPa0EcMwuECS
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 06:10 by ZPa0EcMwuECS
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 11/550 2026-08-30 06:00 by ZPa0EcMwuECS
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +9 苏东坡二世 2026-08-23 9/450 2026-08-29 14:41 by hustersqt
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[基金申请] 国际合作可查了，中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭