应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请问DS 同源建模以后,需要进行LOOP优化吗?
31/1返回列表
查看: 1124  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

cy0010

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请问DS 同源建模以后,需要进行LOOP优化吗? 已有2人参与

请问DS 同源建模以后,需要进行LOOP优化吗?
我同时也使用了MODELLER进行了建模,但发现LOOP优化后,模型三级结构变的和摸板差异很大,球型蛋白,变成了长的了!

如果摸板和我需要建摸的蛋白一级序列差异不大(80%左右同源性),请问,是否同源建摸后,二者的二级,三级结构会有较大差异吗?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-03-17 11:47:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

qixingbao07

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-03-20 22:32:22
我猜如果模板相似性比较大。可以固定主链，优化侧链，甚至不用优化
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-03-19 08:25:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

flyingcity

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-03-20 22:32:16
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-03-20 22:32:25
看同源率，如果整体大于80%，可不用优化，如果整体30%多，结合位点在80%以上，可根据晶体的B-facter，也就是温度系数，由高到低逐步放松限制来优化，但结合位点一定要控制，不能在初期放松，任由其跑动。
赞一下(3人) 回复此楼
3楼2011-03-19 09:51:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 cy0010 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 7/350 2026-11-15 03:43 by xSrQNSSjcgoX
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 7/350 2026-11-15 02:48 by xSrQNSSjcgoX
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 10/500 2026-11-15 02:15 by xSrQNSSjcgoX
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 8/400 2026-11-14 22:51 by Equinoxhua
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +8 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-13 11:11 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 9/450 2026-11-13 11:02 by Equinoxhua
[考博] 27博士申请（市政/环境） +3 ladf 2026-11-12 3/150 2026-11-13 08:19 by Equinoxhua
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-13 04:21 by Equinoxhua
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:48 by ECLTXnJnRSXf
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:28 by ECLTXnJnRSXf
[基金申请] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:33 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:03 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +7 czAiolzR0IJC 2026-11-10 9/450 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 6/300 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:36 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 7/350 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:08 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 08:15 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 8/400 2026-11-12 04:57 by 9fOTqj074tIg
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-12 04:57 by 9fOTqj074tIg
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭