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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】请问DS 同源建模以后,需要进行LOOP优化吗?
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cy0010

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】请问DS 同源建模以后,需要进行LOOP优化吗? 已有2人参与

请问DS 同源建模以后,需要进行LOOP优化吗?
我同时也使用了MODELLER进行了建模,但发现LOOP优化后,模型三级结构变的和摸板差异很大,球型蛋白,变成了长的了!

如果摸板和我需要建摸的蛋白一级序列差异不大(80%左右同源性),请问,是否同源建摸后,二者的二级,三级结构会有较大差异吗?
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1楼 2011-03-17 11:47:06
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qixingbao07

木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+1): 谢谢 2011-03-20 22:32:22
我猜如果模板相似性比较大。可以固定主链，优化侧链，甚至不用优化
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2楼2011-03-19 08:25:45
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flyingcity

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-03-20 22:32:16
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-03-20 22:32:25
看同源率，如果整体大于80%，可不用优化，如果整体30%多，结合位点在80%以上，可根据晶体的B-facter，也就是温度系数，由高到低逐步放松限制来优化，但结合位点一定要控制，不能在初期放松，任由其跑动。
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3楼2011-03-19 09:51:24
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