24小时热门版块排行榜

返回列表

shengxiang

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 1
应助: 33 (小学生)
金币: 804.5
帖子: 1460
在线: 154小时
虫号: 800854

[交流] 【求助】如何使用gromacs中的constraint

使用gromacs进行分子动力学模拟的过程中想使得分子保持刚性。gromacs中的restraint、constraint和freeze几个命令可以对分子的结构进行限制，freeze由于冻结分子肯定不行，restraint是使用函数将分子键长或者键角等维持在一定范围内运动，也不为刚性，那么是使用constraint来达到目的吗？若想达到目的，是不是在[ constraints ]中限制所有的bonds就行了，还是需要将angles等也限制住？如果在这里限制了键长等是不是top文件中就不用再定义bonds等的参数了呢？如果做过的话能给出具体的形式吗？不胜感激~

回复此楼

» 猜你喜欢

Cas 72-43-5需要30g，定制合成，能接单的留言已经有8人回复
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？已经有6人回复
北京211副教授，35岁，想重新出发，去国外做博后，怎么样？已经有8人回复
磺酰氟产物，毕不了业了！已经有5人回复
论文终于录用啦！满足毕业条件了已经有25人回复
2026年机械制造与材料应用国际会议（ICMMMA 2026）已经有3人回复
自荐读博已经有3人回复
不自信的我已经有5人回复
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球已经有8人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

请教GROMACS安装已经有8人回复
Gromacs中，mdrun出错已经有5人回复
在gromacs中运行mdrun命令时出错已经有10人回复
Gromacs是如何算溶液的介电常数的啊已经有4人回复
Gromacs中加入离子已经有5人回复
【求助】用Gromacs模拟小分子药物及一定辅料在水溶液中的形态该，该如何开始？已经有6人回复
【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢已经有11人回复
【求助】重金求助：gromacs中g_rms命令中怎样应用index.ndx文件已经有8人回复
【原创】在gromacs的gro中插入小分子已经有12人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2011-03-14 15:24:52

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 1109.2
帖子: 319
在线: 138小时
虫号: 1159022

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
shengxiang(金币+10): 2011-03-18 10:23:06
ghcacj(金币+8): 谢谢 2011-03-18 14:08:46

引用回帖:

Originally posted by shengxiang at 2011-03-14 15:24:52:
使用gromacs进行分子动力学模拟的过程中想使得分子保持刚性。gromacs中的restraint、constraint和freeze几个命令可以对分子的结构进行限制，freeze由于冻结分子肯定不行，restraint是使用函数将分子键长或者键角等 ...

我做过有一个类似的力场，不用我的没有设置键角，只是限制了键长。