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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】如何使用gromacs中的constraint
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shengxiang

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】如何使用gromacs中的constraint

使用gromacs进行分子动力学模拟的过程中想使得分子保持刚性。gromacs中的restraint、constraint和freeze几个命令可以对分子的结构进行限制，freeze由于冻结分子肯定不行，restraint是使用函数将分子键长或者键角等维持在一定范围内运动，也不为刚性，那么是使用constraint来达到目的吗？若想达到目的，是不是在[ constraints ]中限制所有的bonds就行了，还是需要将angles等也限制住？如果在这里限制了键长等是不是top文件中就不用再定义bonds等的参数了呢？如果做过的话能给出具体的形式吗？不胜感激~
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1楼 2011-03-14 15:24:52
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ruthxu

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
shengxiang(金币+10): 2011-03-18 10:23:06
ghcacj(金币+8): 谢谢 2011-03-18 14:08:46
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-03-14 15:24:52:
使用gromacs进行分子动力学模拟的过程中想使得分子保持刚性。gromacs中的restraint、constraint和freeze几个命令可以对分子的结构进行限制，freeze由于冻结分子肯定不行，restraint是使用函数将分子键长或者键角等 ...

我做过有一个类似的力场，不用我的没有设置键角，只是限制了键长。
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2楼2011-03-18 09:19:05
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ruthxu

金虫 (正式写手)
不知道有没有用
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3楼2011-03-18 09:19:35
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shengxiang

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-18 09:19:05:
我做过有一个类似的力场，不用我的没有设置键角，只是限制了键长。

太感谢你了，希望能和你多交流~~
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4楼2011-03-18 10:22:52
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ruthxu

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-03-18 10:22:52:
太感谢你了，希望能和你多交流~~

哎，这只是瞎猫碰上了死耗子，就会这点，呵呵
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5楼2011-03-18 11:19:09
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shengxiang

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-18 11:19:09:
哎，这只是瞎猫碰上了死耗子，就会这点，呵呵

哈哈~~~不能~~~看你很活跃的~~~
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6楼2011-03-18 12:15:44
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zgxjlx

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-22 12:15:52
manual里有比较详细的解释吧，感觉lz是想用distance constrain吧
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7楼2011-03-21 21:36:47
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hfxywhy

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by ruthxu at 2011-03-18 11:19:09
哎，这只是瞎猫碰上了死耗子，就会这点，呵呵

你好，我现在是gromacs入门，下载看了一下你上传的文件，那些itp文件是手写上去的吗？哪些原子形成二面角是怎么设定的？有什么规律吗？
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8楼2017-01-06 10:41:37
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ruthxu

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一般不是自己写 都是用gromac力场生成命令，或是其他的程序如mktop

发自小木虫Android客户端
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9楼2017-01-07 09:49:11
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