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shengxiang

木虫 (著名写手)

模拟EPI: 1
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帖子: 1460
在线: 154小时
虫号: 800854

[交流] 【求助】如何使用gromacs中的constraint

使用gromacs进行分子动力学模拟的过程中想使得分子保持刚性。gromacs中的restraint、constraint和freeze几个命令可以对分子的结构进行限制，freeze由于冻结分子肯定不行，restraint是使用函数将分子键长或者键角等维持在一定范围内运动，也不为刚性，那么是使用constraint来达到目的吗？若想达到目的，是不是在[ constraints ]中限制所有的bonds就行了，还是需要将angles等也限制住？如果在这里限制了键长等是不是top文件中就不用再定义bonds等的参数了呢？如果做过的话能给出具体的形式吗？不胜感激~

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1楼 2011-03-14 15:24:52

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zgxjlx

木虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
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虫号: 237226

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-22 12:15:52

manual里有比较详细的解释吧，感觉lz是想用distance constrain吧

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7楼2011-03-21 21:36:47

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ruthxu

金虫 (正式写手)

应助: 2 (幼儿园)
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虫号: 1159022

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
shengxiang(金币+10): 2011-03-18 10:23:06
ghcacj(金币+8): 谢谢 2011-03-18 14:08:46

引用回帖:

Originally posted by shengxiang at 2011-03-14 15:24:52:
使用gromacs进行分子动力学模拟的过程中想使得分子保持刚性。gromacs中的restraint、constraint和freeze几个命令可以对分子的结构进行限制，freeze由于冻结分子肯定不行，restraint是使用函数将分子键长或者键角等 ...

我做过有一个类似的力场，不用我的没有设置键角，只是限制了键长。

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2楼2011-03-18 09:19:05

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