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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】如何使用gromacs中的constraint
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shengxiang

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】如何使用gromacs中的constraint

使用gromacs进行分子动力学模拟的过程中想使得分子保持刚性。gromacs中的restraint、constraint和freeze几个命令可以对分子的结构进行限制，freeze由于冻结分子肯定不行，restraint是使用函数将分子键长或者键角等维持在一定范围内运动，也不为刚性，那么是使用constraint来达到目的吗？若想达到目的，是不是在[ constraints ]中限制所有的bonds就行了，还是需要将angles等也限制住？如果在这里限制了键长等是不是top文件中就不用再定义bonds等的参数了呢？如果做过的话能给出具体的形式吗？不胜感激~
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1楼 2011-03-14 15:24:52
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zgxjlx

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-22 12:15:52
manual里有比较详细的解释吧，感觉lz是想用distance constrain吧
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2011-03-21 21:36:47
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