应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】如何使用gromacs中的constraint
51/1返回列表
查看: 2798  |  回复: 8
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】如何使用gromacs中的constraint

使用gromacs进行分子动力学模拟的过程中想使得分子保持刚性。gromacs中的restraint、constraint和freeze几个命令可以对分子的结构进行限制，freeze由于冻结分子肯定不行，restraint是使用函数将分子键长或者键角等维持在一定范围内运动，也不为刚性，那么是使用constraint来达到目的吗？若想达到目的，是不是在[ constraints ]中限制所有的bonds就行了，还是需要将angles等也限制住？如果在这里限制了键长等是不是top文件中就不用再定义bonds等的参数了呢？如果做过的话能给出具体的形式吗？不胜感激~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼2011-03-14 15:24:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一般不是自己写 都是用gromac力场生成命令，或是其他的程序如mktop

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
9楼2017-01-07 09:49:11
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

ruthxu

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
shengxiang(金币+10): 2011-03-18 10:23:06
ghcacj(金币+8): 谢谢 2011-03-18 14:08:46
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-03-14 15:24:52:
使用gromacs进行分子动力学模拟的过程中想使得分子保持刚性。gromacs中的restraint、constraint和freeze几个命令可以对分子的结构进行限制，freeze由于冻结分子肯定不行，restraint是使用函数将分子键长或者键角等 ...

我做过有一个类似的力场，不用我的没有设置键角，只是限制了键长。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-03-18 09:19:05
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shengxiang

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-18 09:19:05:
我做过有一个类似的力场，不用我的没有设置键角，只是限制了键长。

太感谢你了，希望能和你多交流~~
赞一下 回复此楼
4楼2011-03-18 10:22:52
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by shengxiang at 2011-03-18 10:22:52:
太感谢你了，希望能和你多交流~~

哎，这只是瞎猫碰上了死耗子，就会这点，呵呵
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-03-18 11:19:09
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭