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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】蛋白已镶嵌入膜，现在solvating出现错误
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nufang19a

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】蛋白已镶嵌入膜，现在solvating出现错误 已有1人参与

在最初产生psf阶段，加了水盒子，使用的是这个命令：


现在蛋白已镶嵌入膜，Solvating时出现错误：


在这一步加水的命令是：
mol load psf aqp1_pope.psf pdb aqp1_pope.pdb
set water [atomselect top water]
measure minmax $water

package requre solvate
solvate aqp1_pope.psf aqp1_pope.pdb -o aqp1_pope_water_TEMP -b 1.5 -minmax {{-53 -53 -37} {53 53 36}}

期待大家分析一下，我怎样消除重复的segment，谢谢了
所需要的文件在这里：
http://u.115.com/?ac=my#ct=frame ... d=1&cid=2023017
账号：tonme
密码：002725
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1楼 2011-03-06 23:49:56
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nufang19a

金虫 (正式写手)
怎么无人回答啊，自己顶上去
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2楼2011-03-07 10:36:52
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nufang19a

金虫 (正式写手)
使用了-s参数，命令如下：
package requre solvate
solvate aqp1_pope.psf aqp1_pope.pdb -o aqp1_pope_water_TEMP -b 1.5 -minmax {{-53 -53 -37} {53 53 36}} -s WT8
没出现错误
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3楼2011-03-07 11:52:19
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nufang19a

金虫 (正式写手)
现在有个问题，为什么我的aqp1_pope.pdb里有WT8，为什么没有报错呢？？
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4楼2011-03-07 11:53:03
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nufang19a

金虫 (正式写手)
看了solvate的过程知道了，使用：
package requre solvate
solvate aqp1_pope.psf aqp1_pope.pdb -o aqp1_pope_water_TEMP -b 1.5 -minmax {{-53 -53 -37} {53 53 36}} -s WT8
这个命令，生成的水是WT81......WT88，这也就是没出错的原因了。
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5楼2011-03-07 12:44:15
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