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nufang19a

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助】蛋白已镶嵌入膜,现在solvating出现错误 已有1人参与

在最初产生psf阶段,加了水盒子,使用的是这个命令:


现在蛋白已镶嵌入膜,Solvating时出现错误:


在这一步加水的命令是:
mol load psf aqp1_pope.psf pdb aqp1_pope.pdb
set water [atomselect top water]
measure minmax $water

package requre solvate
solvate aqp1_pope.psf aqp1_pope.pdb -o aqp1_pope_water_TEMP -b 1.5 -minmax {{-53 -53 -37} {53 53 36}}

期待大家分析一下,我怎样消除重复的segment,谢谢了
所需要的文件在这里:
http://u.115.com/?ac=my#ct=frame ... d=1&cid=2023017
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密码:002725
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nufang19a

金虫 (正式写手)


怎么无人回答啊,自己顶上去
2楼2011-03-07 10:36:52
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nufang19a

金虫 (正式写手)


使用了-s参数,命令如下:
package requre solvate
solvate aqp1_pope.psf aqp1_pope.pdb -o aqp1_pope_water_TEMP -b 1.5 -minmax {{-53 -53 -37} {53 53 36}} -s WT8
没出现错误
3楼2011-03-07 11:52:19
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nufang19a

金虫 (正式写手)


现在有个问题,为什么我的aqp1_pope.pdb里有WT8,为什么没有报错呢??
4楼2011-03-07 11:53:03
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nufang19a

金虫 (正式写手)


看了solvate的过程知道了,使用:
package requre solvate
solvate aqp1_pope.psf aqp1_pope.pdb -o aqp1_pope_water_TEMP -b 1.5 -minmax {{-53 -53 -37} {53 53 36}} -s WT8
这个命令,生成的水是WT81......WT88,这也就是没出错的原因了。
5楼2011-03-07 12:44:15
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