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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】土壤DNA提取及PCR
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qyunpeng

铁杆木虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】土壤DNA提取及PCR 已有11人参与

大家好！我们实验室最近在做土壤DNA提取及PCR等相关实验。我们利用手提方法提取土壤DNA，然后利用Axygen的胶回收试剂盒回收，最后利用ITS1F/ITS4 进行PCR。电泳回收后的260/230及260/280都在1.8左右，但是扩增不出来，而阳性对照能扩增出来，不知是何原因？期待各位高人的指点。另外，大家也可推荐下你们用的土壤DNA提取及纯化方法。
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1楼 2011-02-18 21:49:50
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献
★ ★
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翱宇(金币+1): 谢谢交流 2011-02-18 22:55:57

我总是习惯推荐 周集中的 CTAB法，经典，重复性高，适用于几乎所有土壤沉积物及污泥样品。
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2011-02-18 22:21:59
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qyunpeng

铁杆木虫 (小有名气)
lstt09nk: 最好引用楼上的帖子，这样他才容易看的到，要不然他不回到这个帖子是看不到你说的话的~~ 2011-03-18 15:36:19

谢谢brightfuture01 虫友！我也是参考周集中（1996）的方法，但是提取后颜色很深，纯化很难。不知你是用哪种纯化方法？
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3楼2011-02-18 22:46:56
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sunlblove

银虫 (小有名气)
★
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我提取的样品是黄褐色的 PCR也不能P出东西，是有PCR抑制剂，但是不知道DNA如何除去抑制剂呢？
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4楼2011-03-11 10:52:46
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wqj1988926

金虫 (正式写手)
★ ★
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lstt09nk(金币+1): 感谢交流 2011-03-18 15:36:39
可能是dna含量太低，可以试试以第一次的扩增产物为模板再扩几次
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风雪夜归人
5楼2011-03-11 11:12:47
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qyunpeng

铁杆木虫 (小有名气)
Axygen的胶回收试剂盒只能回收15kb的片段，我提取出来片段大约23kb，可能是试剂盒的回收片段小了点，不知道换大片段胶回收试剂盒效果会怎样？我改进提取方法后，在PCR体系中加BSA，模板稀释100/1000/10000倍都能扩增出条带，但条带比较弱。
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6楼2011-03-11 14:37:01
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yabing0324

金虫 (职业作家)
★
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这个土壤DNA，唉！！！我也在愁
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7楼2011-03-12 22:05:59
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精精

金虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
Originally posted by qyunpeng at 2011-02-18 21:49:50:
大家好！我们实验室最近在做土壤DNA提取及PCR等相关实验。我们利用手提方法提取土壤DNA，然后利用Axygen的胶回收试剂盒回收，最后利用ITS1F/ITS4 进行PCR。电泳回收后的260/230及260/280都在1.8左右，但是扩增不出 ...

用试剂盒提会好很多，手提的话减少DNA用量把
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少才微善
8楼2011-03-17 16:51:42
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qyunpeng

铁杆木虫 (小有名气)
试剂盒忒贵了，样品太多了，用不起啊。大家有没有性价比比较高的土壤试剂盒啊？
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9楼2011-03-18 08:50:58
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chen4

新虫 (初入文坛)

前处理

★ ★
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rainwander(金币+1): 鼓励交流~~~ 2011-03-26 17:41:37
引用回帖:
Originally posted by qyunpeng at 2011-02-18 21:49:50:
大家好！我们实验室最近在做土壤DNA提取及PCR等相关实验。我们利用手提方法提取土壤DNA，然后利用Axygen的胶回收试剂盒回收，最后利用ITS1F/ITS4 进行PCR。电泳回收后的260/230及260/280都在1.8左右，但是扩增不出 ...

对土壤做前处理动作，TENP洗涤离心，最后用PBS处理，然后再提取DNA即可。
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棒棒
10楼2011-03-18 13:56:46
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