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木虫 (正式写手)

[交流] 【求助/交流】如何对PCR测序产物进行分析？已有8人参与

最近在做某一基因的RT-PCR反应，取得了进展。产物送去测序，已将测序结果发给我了，但是我不知道如何从测序峰图中看出是否有突变?
我晓得最简单的办法就是对碱基序列进行对照，但是由于碱基数较多，，所以操作起来比较麻烦，不知道是否有较简单的方法？

朝为田舍郎，暮登天子堂。将相本无种，男儿当自强。

1楼 2011-01-29 14:44:45

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金虫 (正式写手)

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dhd997(金币+3): good 2011-01-30 19:00:57

对头，但是不知道你是不是双向测序，如果是双向测序的话要用拼接软件拼接后再比对。
另外我提醒一下你，不知道你PCR的时候用的普通Taq酶还是高保真Taq酶，如果是普通Taq酶的话，看突变是不科学的，因为普通Taq酶保真性不好，有渗入错误碱基的可能，所以最好是用Pfu！

4楼2011-01-30 14:49:01

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金虫 (正式写手)

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引用回帖:

Originally posted by 350784478 at 2011-01-30 20:55:31:

你好！我是单向的，且不是用高保真的Taq酶。我的目的产物是1060bp，但是测出来才990bp，我对了半天，也没有发现测序结果和我的基因序列结合。郁闷！

1060bp比较长了，单向肯定是不准的，建议用双向拼接后会准确很多，同时用高保真酶，完了再加A反应，之后就可以连接T载体，这样测序既准确也能保证不会人为渗入突变碱基。
同时，如果和原序列比对不上的话，可以把拼接的序列弄成反向或者是反向互补再比对！

9楼2011-02-10 09:42:48

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