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wwdxx2004

金虫 (正式写手)


[交流] 【求助/交流】反敲除

请问FRT位点都是一样的吗?我对我敲除后的菌进行测序发现FRT位点处有一个突变 会不会对反敲除有影响呐 谢谢
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会不会是测序的误差,先反敲除着看看。
2楼2010-12-16 21:25:22
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)


引用回帖:
Originally posted by wwdxx2004 at 2010-12-16 20:27:46:
请问FRT位点都是一样的吗?我对我敲除后的菌进行测序发现FRT位点处有一个突变 会不会对反敲除有影响呐 谢谢

什么叫 反敲除
3楼2010-12-16 21:44:29
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wwdxx2004(金币+1): 2010-12-17 20:54:13
dhd997(金币+1):good 2010-12-18 13:53:13
引用回帖:
Originally posted by scelab at 2010-12-16 21:44:29:

什么叫 反敲除

反敲除,就是转入抗性片段敲除基因后,转入pCP20表达FLP重组酶,利用抗性片段两端的FRT序列将抗性标记删除。
4楼2010-12-17 09:19:24
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)


引用回帖:
Originally posted by susizheng at 2010-12-17 09:19:24:

反敲除,就是转入抗性片段敲除基因后,转入pCP20表达FLP重组酶,利用抗性片段两端的FRT序列将抗性标记删除。

对于pCP20和FLP重组酶,没概念
有相关资料介绍下么
5楼2010-12-17 09:23:56
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★ ★
scelab(金币+2):谢谢噢~~~你们看的都是nature级的文章,很强大~~~ 2010-12-17 09:53:33
wwdxx2004(金币+1): 2010-12-17 20:54:21
引用回帖:
Originally posted by scelab at 2010-12-17 09:23:56:

对于pCP20和FLP重组酶,没概念
有相关资料介绍下么

Sharan, S. K., L. C. Thomason, et al. (2009). "☆Recombineering: a homologous recombination-based method of genetic engineering." NATURE PROTOCOLS.
Kuhlman, T. E. and E. C. Cox (2010). "☆Site-specific chromosomal integration of large synthetic constructs." Nucleic Acids Res 38(6): e92.
比较经典的是介绍pKD46这个敲除系统的,暂时没找出来。
6楼2010-12-17 09:36:42
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最爱花诗雨

金虫 (正式写手)


★ ★ ★
wwdxx2004(金币+1): 2010-12-17 20:57:23
scelab(金币+3):谢谢交流!:tiger06: 2010-12-17 23:15:56
1楼说的有可能,测序出来结果误差的可能性还是很大的,因为对于Flp/FRT系统,具有良好的稳定性,你的“反敲除”只是一个pCP20的转化热击表达消除抗性基因片段的过程,不麻烦的,如果真的是FRT位点的一个突变,即使抗性基因消除以后,FRT还是会留在序列上,对后期的发酵有没有影响还是不好说的。呵呵~~希望是测序的问题
7楼2010-12-17 10:06:27
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wwdxx2004

金虫 (正式写手)


现在的问题是PCP20丢不了,反敲也没有成功,看文献报道反敲成功几率挺大的,但是到目前为止,没有结果,也不知道那块有问题
8楼2010-12-17 20:59:13
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ben1147

木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by susizheng at 2010-12-17 09:36:42:

Sharan, S. K., L. C. Thomason, et al. (2009). "☆Recombineering: a homologous recombination-based method of genetic engineering." NATURE PROTOCOLS.
Kuhlman, T. E. and E. C. Cox (2010). ...

当年本科毕设用pKD46的时候稀里糊涂就用了,压根什么都不明白。现在想想那时候真是无知者无畏,哈哈
9楼2010-12-17 22:54:46
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最爱花诗雨

金虫 (正式写手)


wwdxx2004(金币+1): 2010-12-18 13:17:28
wwdxx2004(金币+1): 2010-12-19 11:08:12
引用回帖:
Originally posted by wwdxx2004 at 2010-12-17 20:59:13:
现在的问题是PCP20丢不了,反敲也没有成功,看文献报道反敲成功几率挺大的,但是到目前为止,没有结果,也不知道那块有问题

pCP20在42摄氏度就可以消失的,如果一直去不掉的抗性片段的话,重新做一次重组敲除好了,不麻烦的,这样能排除FRT位点突变的可能了。为什么一定要测序的?不是很浪费吗?电泳跑胶条带没问题就可以了
10楼2010-12-18 12:33:00
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wwdxx2004

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by 最爱花诗雨 at 2010-12-18 12:33:00:

pCP20在42摄氏度就可以消失的,如果一直去不掉的抗性片段的话,重新做一次重组敲除好了,不麻烦的,这样能排除FRT位点突变的可能了。为什么一定要测序的?不是很浪费吗?电泳跑胶条带没问题就可以了

重新做一次重组敲除,还是比较麻烦的 ,我们实验室的做了好久都没有敲掉,我是比较幸运,敲除了,但是一直被反敲麻烦着,其实这样还不如重做一次敲除呢,不知道金虫敲除有什么高招?
11楼2010-12-18 13:20:50
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wwdxx2004

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by susizheng at 2010-12-16 21:25:22:
会不会是测序的误差,先反敲除着看看。

做了好多次反敲了,都不行,不知道是不是PCP20质粒不行,每次提的PCP20跑胶条带都很弱,转化倒是没什么问题,就是完成不了重组,不知道木虫有什么更好的建议,谢谢!
12楼2010-12-19 11:12:39
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最爱花诗雨

金虫 (正式写手)



小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by wwdxx2004 at 2010-12-18 13:20:50:

重新做一次重组敲除,还是比较麻烦的 ,我们实验室的做了好久都没有敲掉,我是比较幸运,敲除了,但是一直被反敲麻烦着,其实这样还不如重做一次敲除呢,不知道金虫敲除有什么高招?

敲除,对于大肠杆菌,Red同源重组是比较好用的方法了,通常情况下,会出现在重组环节,不过,你为什么一定要反敲除呢?留着那个抗性基因影响很大吗?
13楼2010-12-20 09:16:28
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最爱花诗雨

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by wwdxx2004 at 2010-12-19 11:12:39:

做了好多次反敲了,都不行,不知道是不是PCP20质粒不行,每次提的PCP20跑胶条带都很弱,转化倒是没什么问题,就是完成不了重组,不知道木虫有什么更好的建议,谢谢!

pCP20质粒,本来浓度就不会很高的,但不会影响转化效率。
14楼2010-12-20 09:17:48
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xiuluokemo

铜虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
989437楼: Originally posted by wwdxx2004 at 2010-12-16 20:27:46
请问FRT位点都是一样的吗?我对我敲除后的菌进行测序发现FRT位点处有一个突变 会不会对反敲除有影响呐 谢谢

可以跟我讲讲你做red敲除的经验吗?最近做这个,涂板发现板上什么东西都没长!
15楼2012-08-21 10:48:10
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