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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】GROMACS分析二面角随时间的变化
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】GROMACS分析二面角随时间的变化


看到一篇文献利用AMBER进行了酶的动力学模拟，其中有一步是分析活性位点一个关键残基侧链的二面角随时间的变化情况，想请问一下大家能否利用GROMACS的分析程序做出这种图？
我尝试过g_angle, g_chi 和g_dih
发现g_dih可以做出类似的图，但是角度的范围是0~360不知道能否和这幅图一样设置成0~180？这么设置有无必要？谢谢
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1楼 2010-12-16 13:39:20
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-23 15:52:04
引用回帖:
Originally posted by xulinan at 2010-12-19 11:41:45:
你好，我也正在用这个命令分析二面角，默认输出所有残基的二面角，在生产的文件里角度有两行，你说的0-360是哪行啊？我记得第一行角度有400多的，第二行角度有负值，所有一直没弄清楚区别。我认为这两行是角度的两 ...

呵呵~我在分子模拟论坛上看到你的帖子了~默认是输出所有的二面角，找到自己感兴趣的那个残基进行分析就可以了，这个貌似和模拟的具体情况有关~加QQ详说吧~453950248~
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3楼2010-12-19 22:22:59
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xulinan

木虫 (小有名气)
你好，我也正在用这个命令分析二面角，默认输出所有残基的二面角，在生产的文件里角度有两行，你说的0-360是哪行啊？我记得第一行角度有400多的，第二行角度有负值，所有一直没弄清楚区别。我认为这两行是角度的两种表达方式，其实表示的是一个意思，不知道这样理解是否正确。我文献上看到的二面角范围是-180——+180，所有我觉得用哪种方式表示这个角度似乎影响不大，反正曲线趋势和结论是一致的。不知道你有什么看法，讨论下，谢谢
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2楼2010-12-19 11:41:45
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xulinan

木虫 (小有名气)
你QQ是这个吗  加了两次都没通过验证啊
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4楼2010-12-22 13:56:48
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by xulinan at 2010-12-22 13:56:48:
你QQ是这个吗  加了两次都没通过验证啊

这几天没上QQ,是这个
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5楼2010-12-23 10:32:03
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