24小时热门版块排行榜

返回列表

[交流] 【求助】GROMACS分析二面角随时间的变化

看到一篇文献利用AMBER进行了酶的动力学模拟，其中有一步是分析活性位点一个关键残基侧链的二面角随时间的变化情况，想请问一下大家能否利用GROMACS的分析程序做出这种图？
我尝试过g_angle, g_chi 和g_dih
发现g_dih可以做出类似的图，但是角度的范围是0~360不知道能否和这幅图一样设置成0~180？这么设置有无必要？谢谢

回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

Gromacs中加入离子已经有5人回复
gromacs中文教程已经有488人回复
[新手求教]安装Gromacs后，查看pdb2gmx命令，显示无此命令已经有9人回复
Gromacs怎么分析氢键存活时间？已经有13人回复
【转帖】GROMACS分析程序讨论，在gromacs中添加Amber力场已经有8人回复
【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢已经有11人回复
【原创】在gromacs的gro中插入小分子已经有12人回复
【求助】gromacs出现了一个问题已经有10人回复
【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？已经有7人回复
【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道已经有50人回复
【求助】势能为正值已经有16人回复
【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？已经有5人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2010-12-16 13:39:20

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xulinan

木虫 (小有名气)

应助: 24 (小学生)
金币: 2564.9
帖子: 145
在线: 96.3小时
虫号: 1123245

你好，我也正在用这个命令分析二面角，默认输出所有残基的二面角，在生产的文件里角度有两行，你说的0-360是哪行啊？我记得第一行角度有400多的，第二行角度有负值，所有一直没弄清楚区别。我认为这两行是角度的两种表达方式，其实表示的是一个意思，不知道这样理解是否正确。我文献上看到的二面角范围是-180——+180，所有我觉得用哪种方式表示这个角度似乎影响不大，反正曲线趋势和结论是一致的。不知道你有什么看法，讨论下，谢谢

赞一下

回复此楼

2楼2010-12-19 11:41:45

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-23 15:52:04

引用回帖:

Originally posted by xulinan at 2010-12-19 11:41:45:
你好，我也正在用这个命令分析二面角，默认输出所有残基的二面角，在生产的文件里角度有两行，你说的0-360是哪行啊？我记得第一行角度有400多的，第二行角度有负值，所有一直没弄清楚区别。我认为这两行是角度的两 ...

呵呵~我在分子模拟论坛上看到你的帖子了~默认是输出所有的二面角，找到自己感兴趣的那个残基进行分析就可以了，这个貌似和模拟的具体情况有关~加QQ详说吧~453950248~

赞一下(1人)

回复此楼

3楼2010-12-19 22:22:59

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖