| 查看: 2582 | 回复: 8 | |||
[交流]
【求助/交流】恳求：如何进行序列拼接 已有6人参与
|
|
请问各位如何将测得的序列进行拼接啊，要是有详细的图文解析那就更感谢啦， O(∩_∩)O~ |
回复此楼» 猜你喜欢
327求调剂
已经有11人回复
-
08工科求调剂290分
已经有11人回复
-
一志愿985初试354分生物调剂
已经有3人回复
-
一志愿2110，化学学硕310分，本科重点双非求调剂
已经有13人回复
-
353求调剂
已经有8人回复
-
308求调剂
已经有16人回复
-
334求调剂
已经有14人回复
-
一志愿0807 数一英一 313 有没有二轮调剂
已经有7人回复
-
复试调剂，一志愿郑州大学材料与化工289分
已经有14人回复
-
086000调剂
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- SeqMan拼接序列后的几个小问题
已经有5人回复
- NCBI在线Blast的图文说明
已经有13人回复
- 反向互补序列的方向问题
已经有3人回复
- 双向测序序列拼接不起来
已经有8人回复
- 几条序列注释为同一个基因，但这几条序列却拼接不上，相似行也不高
已经有9人回复
- 大家好，为什么用DNAMAN拼接出来的序列，再用它和别的序列比对总是提示说只有一个序列
已经有4人回复
- DNAMAN拼接序列如何保存为线性序列？
已经有5人回复
- DNAstar中拼接序列
已经有4人回复
- 如何批量得到一系列序列的反向序列（reverse）？
已经有5人回复
- DNA序列测序拼接用什么软件好？
已经有8人回复
- 测序结果峰全部重叠
已经有9人回复
- DNAman能不能對測序得到的序列進行拼接呢？怎麼做？
已经有9人回复
- 这是什么意思，如何修改，求助
已经有23人回复
- 叶绿体序列拼接
已经有8人回复
- 碱基序列方向问题
已经有4人回复
- 公司返回的双向测通的序列个人如何拼接啊？
已经有9人回复
- 各位学微生物的进来下。。。
已经有30人回复
- 恳求：钻孔数据
已经有8人回复
- 求助：合并序列
已经有5人回复
- 【求助/交流】怎么进行EST序列对比
已经有3人回复
- 【求助/交流】为什么用拼接软件，不能将我的序列拼接起来？
已经有9人回复
- 【求助/交流】序列拼接
已经有10人回复
- 【求助/交流】序列拼接
已经有5人回复
- 【求助/交流】几个序列的拼接
已经有10人回复
- 【求助/交流】求助会使用Contig Express软件的人！
已经有13人回复
- 【分享】测序结果拼接软件ContigExpress程序及使用方法
已经有128人回复
wywangying169
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 265.6
- 帖子: 173
- 在线: 38.2小时
- 虫号: 530789
- 注册: 2008-03-22
- 性别: MM
- 专业: 生物大分子结构与功能
用ContigExpress软件就可以拼接
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+4):够热心 鼓励 2010-12-03 16:56:03
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+4):够热心 鼓励 2010-12-03 16:56:03
|
此名为ContigExpress的软件可用于做序列拼接，主要使用方法如下： 1. 解压缩下载的压缩文件contig.zip文件，保证文件CExpress.exe,Gexudat.def在同一个目录下，打开Cexpress.exe应用程序，进入ContigExpress操作界面，如图1。 图1 2. 点击菜单上的“Project”选择“Add Fragments”，一般我们发给您的是AB1文件，如果您有其它格式的文件，也可以选择，在这里我们选择AB1文件，以其为例，如图2。 图2 3. 选择您存放AB1文件（即我们Email给您的测序结果的彩图文件）的目录，选择文件类型为ALL FILES, 之后打开要拼接的AB1，从而添加进ContigExpress软件。在此以A、B两个序列为例，如果有多个序列的也可以同时添加进入。 图3 4. 选中要拼接的序列，再选菜单 “Assemble”栏下的“Assemble Selected Fragments”命令，或用工具栏上的按钮，如图3。若两个结果能够拼接起来的，会得到一个Assemble1下的contig1的结果，如图4。 图4 5. 双击contig1，打开拼接后的结果，选中菜单“VIEW”栏，进入VIEW OPTION，将SHOW ALIGNMENT AS 由 TEXT 改为 GRAPH.，点击OK 后得到结果如图5。此时可能会因为两条序列的测序结果误差，会有不同的地方，在拼接图片框中的绿色竖杠就表示了这些不同的地方，如图所示。接着可点击绿色竖杠找到有误差的地方，进行修改。 6. 在修改过程中，遇到有误差的地方，可以根据峰形来判断是多读还是漏读来进行修改，此时电脑认为是漏读碱基的地方会以点来表示，如图5，此处很明显是A序列上多读了一个G碱基，可将其删除。（注：因为软件本身的问题，只有在拼接过程中是正向的序列才能进行修改操作，若在反向上修改碱基，保存时会产生错误而直接关闭程序。所以若要修改反向序列上的碱基，可先保存后，把原有的Assemble1的结果拆开，点序列图标上的“Name”，如图3，所选中的序列上的一个“name”横栏，使序列按Name的升降次序来排列，把要作为正向的序列放到要作为反向序列上面即可。以此序列为例，将其改变方向后可实现反向拼接，如图6。此时反向拼接中，电脑也会将整条序列自动进行反向互补。若有多条序列只要让反向序列在正向序列上即可。建议最好是修改一个碱基后就保存一下，然后拆开了再拼接，这样可以最大程度地避免误差。） 图5 图6 7. 全部修改完成后，所有的绿色竖杠就消失了，但电脑对那些个别碱基不同，即没有多读或漏读的现象，不会用绿色竖杠标出，这样也就是说，在整个序列中还有误差存在，所以这时我们就需要用到工具栏上的另一个按钮“find next ambiguous”，如图7，来找序列中因两条序列碱基不同而出现的N值，需要记住此时也只能在正链上进行修改。如图，此处依据峰形可确定A链上的C应该为A，把它校正即可。 图7 8. 经过校正和修改之后，两条序列的重叠部分已经完全一致，序列已经拼通，可以把整个拼接结果保存下来，若想拷贝并保存整条序列，可以右击contig1选取“Select All”，再选“Copy sequence from … bp to … bp”，如图8。然后打开可存放文本的应用程序，如记事本，把整个序列粘贴进去，保存即可。 图8 |
2楼2010-12-03 16:47:45
wywangying169
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 265.6
- 帖子: 173
- 在线: 38.2小时
- 虫号: 530789
- 注册: 2008-03-22
- 性别: MM
- 专业: 生物大分子结构与功能
3楼2010-12-03 16:48:31
4楼2010-12-03 17:43:32
5楼2010-12-03 17:49:39
malstose
金虫 (正式写手)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 1254.8
- 散金: 166
- 帖子: 954
- 在线: 142.7小时
- 虫号: 835996
- 注册: 2009-08-28
- 性别: GG
- 专业: 植物病理学
6楼2011-01-05 16:24:53
hulqi
金虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 1144.2
- 散金: 106
- 红花: 4
- 帖子: 361
- 在线: 56小时
- 虫号: 568420
- 注册: 2008-06-03
- 专业: 微生物资源与分类学
7楼2011-01-05 16:39:59
zgb1982
木虫 (正式写手)
- 应助: 46 (小学生)
- 金币: 2895.3
- 红花: 3
- 帖子: 536
- 在线: 227.2小时
- 虫号: 664342
- 注册: 2008-11-29
- 专业: 植物病理学
8楼2011-01-05 16:50:34
谢谢指点 9楼2015-10-01 15:04:07
