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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】用Autodocktools找活性中心的坐标(center on ligand)显示no current ligand
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pierce6175

木虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】用Autodocktools找活性中心的坐标(center on ligand)显示no current ligand

我选择ligand后
grid-grid box-center-center on ligand,之后显示 no current ligand

另外, 我在ligand parameters里看到center of ligand molecule 后有5个数字,3个数字是坐标,一个应该是表示空间大小,剩下一个数字是什么意思呢?

多谢各位高手指导!!
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1楼 2010-11-25 18:07:07
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
pierce6175(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-26 12:56:07
引用回帖:
Originally posted by pierce6175 at 2010-11-25 18:07:07:
我选择ligand后
grid-grid box-center-center on ligand,之后显示 no current ligand

另外, 我在ligand parameters里看到center of ligand molecule 后有5个数字,3个数字是坐标,一个应该是表示空间大小,剩下一 ...

你首先需要确定你的蛋白结构里有没有配体，如果没有配体，肯定就是no current ligand了~
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4楼2010-11-25 18:30:58
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pierce6175

木虫 (初入文坛)
我尝试了三种方式
1 从pdb下载带有配体的蛋白文件后直接用adt找配体中心,显示 no current ligand

2 chimera 分离配体后,将分离后的蛋白与配体分别读入adt找活性中心,显示no current ligand

3 只导入配体,adt找活性中心,显示no current ligand

在2,3 种方法里,我都选择了配体,可以看到配体参数,但找不到活性中心。
当然，以配体上的某原子来定位也可以dock，不过心里有点不爽。

请大家顺便也解释下我关于配体参数的疑问，多谢了。
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5楼2010-11-25 20:22:49
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pierce6175

木虫 (初入文坛)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):可否贴出你的解决方法？ 2010-11-29 18:16:11
我自己发现是怎么回事了,能不能关闭该提问?
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6楼2010-11-28 23:28:34
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pierce6175

木虫 (初入文坛)
将分离后的配体导入adt,存为pdbqt格式,在grid中选择后,即可center on ligand
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7楼2010-11-30 15:21:06
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★
pierce6175(金币+2):谢谢参与
呵呵 马虎！我来领金币了
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8楼2010-12-10 00:59:27
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ustbwgs

木虫 (正式写手)
★
pierce6175(金币+2):谢谢参与
顶起来，
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9楼2010-12-10 12:33:44
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ustbwgs

木虫 (正式写手)
★
pierce6175(金币+2):谢谢参与
顶起来
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10楼2010-12-10 12:34:13
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pjiang

金虫 (正式写手)
★
pierce6175(金币+2):谢谢参与
来学习一下
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11楼2010-12-11 00:50:21
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petersen

金虫 (小有名气)
★ ★
pierce6175(金币+2):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-11 23:03:27
呵呵！这个应该是没有保存格子的信息文件，所以找不到配体信息。顺便领下金币啦～
赞一下(2人) 回复此楼
12楼2010-12-11 11:56:37
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manutdking

木虫 (初入文坛)
★
pierce6175(金币+2):谢谢参与
受教了，谢谢~
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13楼2010-12-13 23:25:54
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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14楼2011-09-05 20:00:11
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houmaoqi

版主 (职业作家)
★
pierce6175(金币+2): 谢谢参与
签到
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15楼2020-10-06 10:05:40
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简单回复
读书人12362楼
2010-11-25 18:12   回复  
pierce6175(金币+2):谢谢参与
读书人12363楼
2010-11-25 18:12   回复  
pierce6175(金币+2):谢谢参与
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