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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】用Autodocktools找活性中心的坐标(center on ligand)显示no current ligand
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pierce6175

木虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】用Autodocktools找活性中心的坐标(center on ligand)显示no current ligand

我选择ligand后
grid-grid box-center-center on ligand,之后显示 no current ligand

另外, 我在ligand parameters里看到center of ligand molecule 后有5个数字,3个数字是坐标,一个应该是表示空间大小,剩下一个数字是什么意思呢?

多谢各位高手指导!!
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1楼 2010-11-25 18:07:07
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pierce6175

木虫 (初入文坛)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):可否贴出你的解决方法？ 2010-11-29 18:16:11
我自己发现是怎么回事了,能不能关闭该提问?
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6楼2010-11-28 23:28:34
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zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
pierce6175(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-26 12:56:07
引用回帖:
Originally posted by pierce6175 at 2010-11-25 18:07:07:
我选择ligand后
grid-grid box-center-center on ligand,之后显示 no current ligand

另外, 我在ligand parameters里看到center of ligand molecule 后有5个数字,3个数字是坐标,一个应该是表示空间大小,剩下一 ...

你首先需要确定你的蛋白结构里有没有配体，如果没有配体，肯定就是no current ligand了~
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4楼2010-11-25 18:30:58
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pierce6175

木虫 (初入文坛)
我尝试了三种方式
1 从pdb下载带有配体的蛋白文件后直接用adt找配体中心,显示 no current ligand

2 chimera 分离配体后,将分离后的蛋白与配体分别读入adt找活性中心,显示no current ligand

3 只导入配体,adt找活性中心,显示no current ligand

在2,3 种方法里,我都选择了配体,可以看到配体参数,但找不到活性中心。
当然，以配体上的某原子来定位也可以dock，不过心里有点不爽。

请大家顺便也解释下我关于配体参数的疑问，多谢了。
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5楼2010-11-25 20:22:49
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pierce6175

木虫 (初入文坛)
将分离后的配体导入adt,存为pdbqt格式,在grid中选择后,即可center on ligand
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7楼2010-11-30 15:21:06
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