应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】用Autodocktools找活性中心的坐标(center on ligand)显示no current ligand
51/1返回列表
查看: 3773  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

pierce6175

木虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】用Autodocktools找活性中心的坐标(center on ligand)显示no current ligand

我选择ligand后
grid-grid box-center-center on ligand,之后显示 no current ligand

另外, 我在ligand parameters里看到center of ligand molecule 后有5个数字,3个数字是坐标,一个应该是表示空间大小,剩下一个数字是什么意思呢?

多谢各位高手指导!!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2010-11-25 18:07:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pierce6175

木虫 (初入文坛)
将分离后的配体导入adt,存为pdbqt格式,在grid中选择后,即可center on ligand
赞一下 回复此楼
7楼2010-11-30 15:21:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
pierce6175(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-26 12:56:07
引用回帖:
Originally posted by pierce6175 at 2010-11-25 18:07:07:
我选择ligand后
grid-grid box-center-center on ligand,之后显示 no current ligand

另外, 我在ligand parameters里看到center of ligand molecule 后有5个数字,3个数字是坐标,一个应该是表示空间大小,剩下一 ...

你首先需要确定你的蛋白结构里有没有配体，如果没有配体，肯定就是no current ligand了~
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-11-25 18:30:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pierce6175

木虫 (初入文坛)
我尝试了三种方式
1 从pdb下载带有配体的蛋白文件后直接用adt找配体中心,显示 no current ligand

2 chimera 分离配体后,将分离后的蛋白与配体分别读入adt找活性中心,显示no current ligand

3 只导入配体,adt找活性中心,显示no current ligand

在2,3 种方法里,我都选择了配体,可以看到配体参数,但找不到活性中心。
当然，以配体上的某原子来定位也可以dock，不过心里有点不爽。

请大家顺便也解释下我关于配体参数的疑问，多谢了。
赞一下 回复此楼
5楼2010-11-25 20:22:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pierce6175

木虫 (初入文坛)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):可否贴出你的解决方法？ 2010-11-29 18:16:11
我自己发现是怎么回事了,能不能关闭该提问?
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-11-28 23:28:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 19:43 by lXgU0RvNTDC9
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 19:22 by lXgU0RvNTDC9
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 19:22 by lXgU0RvNTDC9
[公派出国] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 7/350 2026-08-23 19:10 by lXgU0RvNTDC9
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 9/450 2026-08-23 18:46 by lXgU0RvNTDC9
[博后之家] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 h4CP7TrQR8Lg 2026-08-22 3/150 2026-08-23 16:30 by lXgU0RvNTDC9
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 h4CP7TrQR8Lg 2026-08-22 3/150 2026-08-23 16:30 by lXgU0RvNTDC9
[论文投稿] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 15:33 by KM5EcsNQRBPn
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 4/200 2026-08-23 15:30 by KM5EcsNQRBPn
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +3 process2012 2026-08-23 4/200 2026-08-23 12:54 by huixian257
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +15 羊腰板 2026-08-21 16/800 2026-08-23 10:45 by process2012
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 9/450 2026-08-23 10:44 by IXZuIJ2Q7OVy
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 10/500 2026-08-23 07:17 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 04:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:55 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 03:52 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭