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pierce6175

木虫 (初入文坛)

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[交流] 【求助】用Autodocktools找活性中心的坐标(center on ligand)显示no current ligand

我选择ligand后
grid-grid box-center-center on ligand,之后显示 no current ligand

另外, 我在ligand parameters里看到center of ligand molecule 后有5个数字,3个数字是坐标,一个应该是表示空间大小,剩下一个数字是什么意思呢?

多谢各位高手指导!!

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1楼2010-11-25 18:07:07

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petersen

金虫 (小有名气)

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★ ★
pierce6175(金币+2):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-12-11 23:03:27

呵呵！这个应该是没有保存格子的信息文件，所以找不到配体信息。顺便领下金币啦～

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12楼2010-12-11 11:56:37

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zh1987hs

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
pierce6175(金币+2):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-11-26 12:56:07

引用回帖:

Originally posted by pierce6175 at 2010-11-25 18:07:07:
我选择ligand后
grid-grid box-center-center on ligand,之后显示 no current ligand

另外, 我在ligand parameters里看到center of ligand molecule 后有5个数字,3个数字是坐标,一个应该是表示空间大小,剩下一 ...

你首先需要确定你的蛋白结构里有没有配体，如果没有配体，肯定就是no current ligand了~

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4楼2010-11-25 18:30:58

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pierce6175

木虫 (初入文坛)

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虫号: 655582

我尝试了三种方式
1 从pdb下载带有配体的蛋白文件后直接用adt找配体中心,显示 no current ligand

2 chimera 分离配体后,将分离后的蛋白与配体分别读入adt找活性中心,显示no current ligand

3 只导入配体,adt找活性中心,显示no current ligand

在2,3 种方法里,我都选择了配体,可以看到配体参数,但找不到活性中心。
当然，以配体上的某原子来定位也可以dock，不过心里有点不爽。

请大家顺便也解释下我关于配体参数的疑问，多谢了。

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5楼2010-11-25 20:22:49

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