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yuankanxue

金虫 (著名写手)

分子玩家

[交流] 【求助】LAMMPS、NAMD和CHARMM谁最适合生物大分子模拟?

,各位使用过分子模拟软件的前辈好,在下一直都是用fortran编程完成模拟任务,做的都是受限高分子稀溶液。由于对生物大分子的结构和功能很感兴趣,我想做点这分面的动力学模拟。从网上搜集资料得知LAMMPS、NAMD和CHARMM是很热门的分子模拟软件,学起来都不容易,不敢随意尝试,难于抉择,师兄们也没有用过,故特来请教各位前辈!望不吝赐教!

大家以前接触过的就随便谈谈嘛。

[ Last edited by yuankanxue on 2011-3-23 at 22:35 ]
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有志者事竟成,梦想给我方向,方法是效率,努力是捷径,失败是老师。
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
yuankanxue: 金币+1 2013-05-31 10:51:58
引用回帖:
7楼: Originally posted by yuankanxue at 2013-05-31 09:31:52
哪个自学比较容易?...

NAMD,官网上的例子很多很详细
8楼2013-05-31 09:36:52
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老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★
yuankanxue(金币+1):鼓励发言,不过太笼统了。 2010-10-30 14:35:28
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-30 16:58:18
生物分子,NAMD和CHARM,或者Gromacs比较合适一些吧,它们是专门弄分子体系的。
2楼2010-10-30 11:28:09
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yuankanxue

金虫 (著名写手)

分子玩家

★
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-10-30 17:07:19
charmm是专用于生物大分子模拟的,但是力场单一。
有志者事竟成,梦想给我方向,方法是效率,努力是捷径,失败是老师。
3楼2010-10-30 16:09:14
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
yuankanxue: 金币+5, 该帖沉了好久,没想到还有版主来跟帖。 2013-05-31 09:32:57
先后学过 lammps NAMD  gromacs
现在模拟的两个方向,分别用NAMD和gromacs

生物分子体系就用NAMD 或者gromacs ,这两个你学会了一个,学另一个不用2个星期就会了。
6楼2013-05-30 09:12:39
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