24小时热门版块排行榜    

查看: 1406  |  回复: 4

蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

[求助] 关于蛋白数据库的一点疑问

做动力学或者对接的时候,从pdb数据库下载蛋白,但是具体应用到对接的时候,数据库里面有一栏是Ligand Chemical Component,这里面的东西在对接或者动力学的时候是不是要删去呢?不是很懂,希望高手能够解答一下......
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

郝明

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-21 10:52:45
蓝紫色玻璃心: 金币+1 2012-03-21 11:46:08
你先读进sybyl 看一下受体的other structures 如果那些位点与你的结合位点隔得很远 对你的对接不够成影响 就不用删 如果未在很近或者重合的时候 就把那些删掉 我个人觉得没影响就都删掉 那样做的时候会相对快一点
希望对你有帮助
2楼2012-03-21 10:23:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 郝明 at 2012-03-21 10:23:46:
你先读进sybyl 看一下受体的other structures 如果那些位点与你的结合位点隔得很远 对你的对接不够成影响 就不用删 如果未在很近或者重合的时候 就把那些删掉 我个人觉得没影响就都删掉 那样做的时候会相对快一点 ...

那这样的话就是说蛋白里面的其他配体和蛋白没有相互作用喽?我是怕有什么相互作用.......
3楼2012-03-21 11:46:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

郝明

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2 2012-03-22 08:34:14
蓝紫色玻璃心: 金币+2 2012-03-22 12:01:00
如果知道你的配体的对接位点的话 显示一下你所下结构的other structures 会能看到自身所带的配体的位置 如果你对的东西隔得他们很远的话就可以不管 如果位置太近有影响的话你就把他们删了
如果不放心 可以做个对比试一下
我也是新手 希望对你有帮助
4楼2012-03-21 15:58:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 郝明 at 2012-03-21 15:58:44:
如果知道你的配体的对接位点的话 显示一下你所下结构的other structures 会能看到自身所带的配体的位置 如果你对的东西隔得他们很远的话就可以不管 如果位置太近有影响的话你就把他们删了
如果不放心 可以做个对 ...

谢谢哈,对接的时候把配体给删掉了,但是现在想弄个动力学,这些配体就不知道怎么弄了,文献好像对接的时候把他们都给删掉了,动力学我也给删掉试试吧先.......
5楼2012-03-22 12:00:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 蓝紫色玻璃心 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 293求调剂 +7 zjl的号 2026-03-16 12/600 2026-03-17 18:22 by 重科小霸王
[考研] 070300化学319求调剂 +4 锦鲤0909 2026-03-17 4/200 2026-03-17 18:21 by 重科小霸王
[考研] 341求调剂 +5 捣蛋猪猪 2026-03-11 6/300 2026-03-17 17:16 by ruiyingmiao
[考研] 293求调剂 +6 世界首富 2026-03-11 6/300 2026-03-17 17:04 by ruiyingmiao
[考研] 311求调剂 +8 冬十三 2026-03-15 8/400 2026-03-17 16:59 by ruiyingmiao
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林,给自己招师弟中~ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 304求调剂 +5 素年祭语 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
[考研] 283求调剂 +10 小楼。 2026-03-12 14/700 2026-03-16 16:08 by 13811244083
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 279求调剂 +3 Dizzy123@ 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:02 by JourneyLucky
[考研] 0856材料与化工301求调剂 +5 奕束光 2026-03-13 5/250 2026-03-13 22:00 by 星空星月
[考研] 304求调剂 +7 7712b 2026-03-13 7/350 2026-03-13 21:42 by peike
[考研] 求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-12 5/250 2026-03-13 18:31 by ms629
[考研] 0703化学求调剂 +7 绿豆芹菜汤 2026-03-12 7/350 2026-03-13 17:25 by njzyff
[考研] 求b区学校调剂 +3 周56 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:20 by JourneyLucky
[考研] 土木第一志愿276求调剂,科研和技能十分丰富,求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
[考研] 一志愿山大07化学 332分 四六级已过 本科山东双非 求调剂! +3 不想理你 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:18 by JourneyLucky
[考研] 0817化学工程与技术考研312分调剂 +3 T123 tt 2026-03-12 3/150 2026-03-13 10:49 by houyaoxu
[考研] 270求调剂 085600材料与化工专硕 +3 YXCT 2026-03-11 3/150 2026-03-13 10:13 by houyaoxu
信息提示
请填处理意见