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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 关于蛋白数据库的一点疑问
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

[求助] 关于蛋白数据库的一点疑问

做动力学或者对接的时候，从pdb数据库下载蛋白，但是具体应用到对接的时候，数据库里面有一栏是Ligand Chemical Component，这里面的东西在对接或者动力学的时候是不是要删去呢？不是很懂，希望高手能够解答一下......
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1楼 2012-03-20 09:19:50
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 郝明 at 2012-03-21 10:23:46:
你先读进sybyl 看一下受体的other structures 如果那些位点与你的结合位点隔得很远 对你的对接不够成影响 就不用删 如果未在很近或者重合的时候 就把那些删掉 我个人觉得没影响就都删掉 那样做的时候会相对快一点 ...

那这样的话就是说蛋白里面的其他配体和蛋白没有相互作用喽？我是怕有什么相互作用.......
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3楼2012-03-21 11:46:02
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郝明

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2012-03-21 10:52:45
蓝紫色玻璃心: 金币+1 2012-03-21 11:46:08
你先读进sybyl 看一下受体的other structures 如果那些位点与你的结合位点隔得很远 对你的对接不够成影响 就不用删 如果未在很近或者重合的时候 就把那些删掉 我个人觉得没影响就都删掉 那样做的时候会相对快一点
希望对你有帮助
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2楼2012-03-21 10:23:46
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郝明

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2 2012-03-22 08:34:14
蓝紫色玻璃心: 金币+2 2012-03-22 12:01:00
如果知道你的配体的对接位点的话 显示一下你所下结构的other structures 会能看到自身所带的配体的位置 如果你对的东西隔得他们很远的话就可以不管 如果位置太近有影响的话你就把他们删了
如果不放心 可以做个对比试一下
我也是新手 希望对你有帮助
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4楼2012-03-21 15:58:44
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 郝明 at 2012-03-21 15:58:44:
如果知道你的配体的对接位点的话 显示一下你所下结构的other structures 会能看到自身所带的配体的位置 如果你对的东西隔得他们很远的话就可以不管 如果位置太近有影响的话你就把他们删了
如果不放心 可以做个对 ...

谢谢哈，对接的时候把配体给删掉了，但是现在想弄个动力学，这些配体就不知道怎么弄了，文献好像对接的时候把他们都给删掉了，动力学我也给删掉试试吧先.......
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5楼2012-03-22 12:00:53
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