24小时热门版块排行榜    

查看: 4867  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

yuankanxue

金虫 (著名写手)

分子玩家

[交流] 【求助】LAMMPS、NAMD和CHARMM谁最适合生物大分子模拟?

,各位使用过分子模拟软件的前辈好,在下一直都是用fortran编程完成模拟任务,做的都是受限高分子稀溶液。由于对生物大分子的结构和功能很感兴趣,我想做点这分面的动力学模拟。从网上搜集资料得知LAMMPS、NAMD和CHARMM是很热门的分子模拟软件,学起来都不容易,不敢随意尝试,难于抉择,师兄们也没有用过,故特来请教各位前辈!望不吝赐教!

大家以前接触过的就随便谈谈嘛。

[ Last edited by yuankanxue on 2011-3-23 at 22:35 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

有志者事竟成,梦想给我方向,方法是效率,努力是捷径,失败是老师。
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuankanxue

金虫 (著名写手)

分子玩家

★
zh1987hs(金币+1):鼓励交流 2010-10-30 17:07:19
charmm是专用于生物大分子模拟的,但是力场单一。
有志者事竟成,梦想给我方向,方法是效率,努力是捷径,失败是老师。
3楼2010-10-30 16:09:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★
yuankanxue(金币+1):鼓励发言,不过太笼统了。 2010-10-30 14:35:28
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-30 16:58:18
生物分子,NAMD和CHARM,或者Gromacs比较合适一些吧,它们是专门弄分子体系的。
2楼2010-10-30 11:28:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
yuankanxue: 金币+5, 该帖沉了好久,没想到还有版主来跟帖。 2013-05-31 09:32:57
先后学过 lammps NAMD  gromacs
现在模拟的两个方向,分别用NAMD和gromacs

生物分子体系就用NAMD 或者gromacs ,这两个你学会了一个,学另一个不用2个星期就会了。
6楼2013-05-30 09:12:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuankanxue

金虫 (著名写手)

分子玩家

引用回帖:
6楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2013-05-30 09:12:39
先后学过 lammps NAMD  gromacs
现在模拟的两个方向,分别用NAMD和gromacs

生物分子体系就用NAMD 或者gromacs ,这两个你学会了一个,学另一个不用2个星期就会了。

哪个自学比较容易?
有志者事竟成,梦想给我方向,方法是效率,努力是捷径,失败是老师。
7楼2013-05-31 09:31:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:42 by ZvyPK8n6Nfki
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:34 by ZvyPK8n6Nfki
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:28 by ZvyPK8n6Nfki
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 ZYXdhzDAy9ZX 2026-09-28 3/150 2026-09-29 06:18 by ZvyPK8n6Nfki
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 tqUTOxClQUMF 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:46 by b8fCuTHqckEt
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 4/200 2026-09-28 23:19 by b8fCuTHqckEt
[考研] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-28 23:12 by b8fCuTHqckEt
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:55 by ez6fGg9abYaj
[博后之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-28 22:45 by ez6fGg9abYaj
[有机交流] 同一个分子,一条来自文献,一条来自AI——不告诉你答案,你会选哪条? +3 tianxiaoxian 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:44 by tianxiaoxian
[找工作] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 5/250 2026-09-28 22:32 by ez6fGg9abYaj
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 22:28 by ez6fGg9abYaj
[博后之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 3/150 2026-09-28 22:21 by ez6fGg9abYaj
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 6/300 2026-09-28 22:15 by ez6fGg9abYaj
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 CfXuS1rDhLYN 2026-09-28 3/150 2026-09-28 19:08 by 9lS3ad5oOymn
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 18:51 by 9lS3ad5oOymn
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 IDs3scOF0tjC 2026-09-28 4/200 2026-09-28 17:30 by ZYXdhzDAy9ZX
[教师之家] 某top大学教授说“能够在市场中兑现的能力才是真能力”无比同意! +7 zju2000 2026-09-26 8/400 2026-09-28 16:42 by beefly
[教师之家] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 GDBe8tDZqE8z 2026-09-28 3/150 2026-09-28 15:32 by ZYXdhzDAy9ZX
信息提示
请填处理意见