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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 【求助】审稿人意见,不是很懂,大家帮帮忙!


1.“I suggest that the authors include the clarifications for the basis set superposition error(BSSE) calculations in the manuscript.”  这句怎么理解??

2.分子内的BSSE,怎么做,看了几篇文献,还是不会,望高手们指点。


[ Last edited by heyo_123 on 2010-10-27 at 15:05 ]
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Joannaouc

木虫 (著名写手)

heyo_123(金币+1):谢了! 2010-10-26 14:27:21
是不是软件里面有相关的选项啊?
2楼2010-10-26 14:26:14
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


heyo_123(金币+5):能给几个例子吗??我看了好多,就是不知道该怎么做! 2010-10-26 14:48:31
分子内BSSE需要把分子在适当位置进行切割成为2个分子片段后再进行常规BSSE校正处理。注意要让涉及到分子内BSSE的区域仍然保持原来的相对位置不动,而通过调整构型让两个片段中的与BSSE不相关的区域尽量远离。切割点需要进行饱和处理(比如加氢)。
3楼2010-10-26 14:42:52
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472562763

木虫 (著名写手)

heyo_123(金币+1):谢谢!! 2010-10-26 14:48:46
楼上正解
到头来只落得白茫茫大地真干净!
4楼2010-10-26 14:44:07
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

heyo_123(金币+5):谢谢!!能给几个例子吗》??? 2010-10-26 14:49:12
楼主去查下Sławomir J. Grabowski这个人的文章,他做了好多分子内氢键的BSSE计算。
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
5楼2010-10-26 14:45:42
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

heyo_123(金币+10):感谢! 2010-10-26 17:18:18
给你画了张草图,S姐姐应该说的也是这个意思吧
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
6楼2010-10-26 16:54:22
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fooo

金虫 (正式写手)

崇拜sobereva,其理论功底之深厚,我等望尘莫及。能否详细讲解一下:不太理解“通过调整构型让两个片段中的与BSSE不相关的区域尽量远离”。是否保持分子内BSSE的区域不动而对其它区域进行局部优化?
引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-10-26 14:42:52:
分子内BSSE需要把分子在适当位置进行切割成为2个分子片段后再进行常规BSSE校正处理。注意要让涉及到分子内BSSE的区域仍然保持原来的相对位置不动,而通过调整构型让两个片段中的与BSSE不相关的区域尽量远离。切割 ...

7楼2010-10-27 08:42:01
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gougaozhan

至尊木虫 (职业作家)

busy

引用回帖:
Originally posted by sobereva at 2010-10-26 14:42:52:
分子内BSSE需要把分子在适当位置进行切割成为2个分子片段后再进行常规BSSE校正处理。注意要让涉及到分子内BSSE的区域仍然保持原来的相对位置不动,而通过调整构型让两个片段中的与BSSE不相关的区域尽量远离。切割 ...

楼上正确
^_^不要生气||要争气,不要看破||要突破,不要嫉妒||要欣赏,不要托延||要积极,不要心动||要行动^_^
8楼2010-10-27 13:42:44
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sicyuancon

木虫 (正式写手)

支持2楼的说法!
研究无极限!
9楼2010-10-27 13:53:18
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ykwang

金虫 (正式写手)

heyo_123(金币+1):我说的是intramolecular BSSE 如何算,而非intermolecular BSSE。 2010-10-27 15:03:54
3楼为正解。具体说来,计算某一AB体系的BSSE矫正的过程如下:
1. 用合适的基组分别优化并计算A、B和AB体系的能量E(A)、E(B)和E(AB)。
2. 再用计算AB的基组分别计算AB中的片段A和B的单点能量E‘(A)与E’(B)。
3. 计算BSSE修正能:
        BSSE energy =E(A)+E(B)-E‘(A)-E’(B)
   以及经过BSSE修正以后体系的总能量:
        corrected energy=E(AB)+BSSE energy
一般来说BSSE energy>0,故修正后的体系能量比原来稍高一点。
Nothing_Is_Impossible!
10楼2010-10-27 14:45:02
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