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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】审稿人意见，不是很懂，大家帮帮忙！
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fooo

金虫 (正式写手)
heyo_123(金币+3):谢谢！！ 2010-10-28 09:27:23
你说的没错，如果是AB体系就好办了。问题在于分子内氢键，本来这就是一个分子，硬要把它切割成A、B两个片段，切割处用补H，分子内氢键固定不动，我不明白的是AB两个片段中与分子内氢键无关的结构怎么办，要优化吗？如何理解把它们放远点？希望能有高人指点指点。多谢！
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-10-27 14:45:02:
3楼为正解。具体说来，计算某一AB体系的BSSE矫正的过程如下：
1. 用合适的基组分别优化并计算A、B和AB体系的能量E(A)、E(B)和E(AB)。
2. 再用计算AB的基组分别计算AB中的片段A和B的单点能量E‘(A)与E’(B)。
3 ...

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11楼2010-10-27 15:07:47
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
heyo_123(金币+1):谢谢！！ 2010-10-28 09:27:29
引用回帖:
Originally posted by fooo at 2010-10-27 15:07:47:
你说的没错，如果是AB体系就好办了。问题在于分子内氢键，本来这就是一个分子，硬要把它切割成A、B两个片段，切割处用补H，分子内氢键固定不动，我不明白的是AB两个片段中与分子内氢键无关的结构怎么办，要优化吗 ...

肯定要优化！我那张图感觉画的还是挺对的。。。
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
12楼2010-10-27 15:25:12
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ykwang

金虫 (正式写手)
heyo_123(金币+2):谢谢！！ 2010-10-28 09:27:38
引用回帖:
Originally posted by fooo at 2010-10-27 15:07:47:
你说的没错，如果是AB体系就好办了。问题在于分子内氢键，本来这就是一个分子，硬要把它切割成A、B两个片段，切割处用补H，分子内氢键固定不动，我不明白的是AB两个片段中与分子内氢键无关的结构怎么办，要优化吗 ...

对于分子内氢键，既不需要切割，当然也不需要作BSSE校正。只需要把有氢键的构象与无氢键的构象在同一基组下进行比较就可以啦。
补充说明：对于同一个分子，如果无分子内氢键的构象不止一个，一定要选取其中能量最低的那一个进行比较。

[ Last edited by ykwang on 2010-10-27 at 16:48 ]
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Nothing_Is_Impossible!
13楼2010-10-27 16:04:38
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hakuna

木虫 (知名作家)
heyo_123(金币+2):谢谢！！ 2010-10-28 09:27:46
引用回帖:
Originally posted by ykwang at 2010-10-27 14:45:02:
3楼为正解。具体说来，计算某一AB体系的BSSE矫正的过程如下：
1. 用合适的基组分别优化并计算A、B和AB体系的能量E(A)、E(B)和E(AB)。
2. 再用计算AB的基组分别计算AB中的片段A和B的单点能量E‘(A)与E’(B)。
3 ...

标准的教科书式的答案。

不用G，所以没有体会；想知道的是：
1.“合适的基组”指什么？“合适”的标准是什么？计算E(A)、E(B)、E(AB)时可以采用不同基组吗？

2.“再用计算AB的基组分别计算AB中的片段A和B的单点能量E‘(A)与E’(B)。”计算E'(A)和E'(B)时是直接把B和A拿掉还是把它们分别变成鬼？
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14楼2010-10-27 17:05:27
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1587910521
15楼2010-10-27 17:12:30
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jeangong

木虫之王 (文学泰斗)
3搂正解，楼主找几篇相似的文献看看吧！！！
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16楼2010-10-27 17:32:35
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ykwang

金虫 (正式写手)
heyo_123(金币+2):谢谢！！ 2010-10-28 09:28:04
引用回帖:
Originally posted by hakuna at 2010-10-27 17:05:27:


标准的教科书式的答案。

不用G，所以没有体会；想知道的是：
1.“合适的基组”指什么？“合适”的标准是什么？计算E(A)、E(B)、E(AB)时可以采用不同基组吗？

2.“再用计算AB的基组分别计算AB中的片段A ...

关于“合适的基组”并没有绝对标准，要根据具体的分子来评价。但在计算E(A)、E(B)、E(AB)时是可以采用不同基组的，前提是尽可能保证各自的计算误差均在可接受的范围内（关于这一点，也没有绝对标准）。事实上，A和B可能差别很大而不可能采用同样的基组。例如，B中含有重原子（需要混合赝势基组）而A不含重原子（可以采用较大的全电子基组），或者B中含有O、N等具有孤对电子的原子（需要较大的基组描述）而A不含这类原子（没有必要用大基组），我们可以用不同的基组来分别计算它们的构型和能量。
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Nothing_Is_Impossible!
17楼2010-10-27 17:34:50
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zhengchenx

禁虫 (著名写手)
heyo_123(金币+2):呵呵！谢谢！ 2010-10-27 19:17:26
本帖内容被屏蔽
18楼2010-10-27 17:42:38
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
heyo_123(金币+5):谢谢！！ 2010-10-28 09:28:11
切割时之所以涉及到分子内相互作用区域构型保持不动，是为了之后做切割后的片段间BSSE校正时尽可能完整还原这个区域产生的E_BSSE。之所以把其它不相干区域挪得相互远离，是由于如果位置保持不变，即紧挨着，在做切割后的片段间BSSE校正时，E_BSSE将会掺进它们的成分。原理上应当在冻住分子内相互作用区域构型不变下优化一下挪动过的无关区域，不过这样做对所得E_BSSE未必能产生明显影响。
涉及到分子内范德华作用时，由于其作用强度很弱，E_BSSE甚至能达到与之相同的数量级，所以此时不能忽略分子内BSSE。由于氢键强度并不很弱，而且使用弥散基组后BSSE的影响会降低很多，E_BSSE与氢键键能相比一般都很小，所以在使用较大的含弥散函数的基组时处理分子内氢键问题没必要考虑麻烦的分子内BSSE校正。
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19楼2010-10-27 19:47:16
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cxyuan09

金虫 (正式写手)
不太懂BSSE，
路过，帮顶！
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20楼2010-10-27 22:44:59
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