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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 【求助】审稿人意见,不是很懂,大家帮帮忙!


1.“I suggest that the authors include the clarifications for the basis set superposition error(BSSE) calculations in the manuscript.”  这句怎么理解??

2.分子内的BSSE,怎么做,看了几篇文献,还是不会,望高手们指点。


[ Last edited by heyo_123 on 2010-10-27 at 15:05 ]
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ykwang

金虫 (正式写手)

heyo_123(金币+1):我说的是intramolecular BSSE 如何算,而非intermolecular BSSE。 2010-10-27 15:03:54
3楼为正解。具体说来,计算某一AB体系的BSSE矫正的过程如下:
1. 用合适的基组分别优化并计算A、B和AB体系的能量E(A)、E(B)和E(AB)。
2. 再用计算AB的基组分别计算AB中的片段A和B的单点能量E‘(A)与E’(B)。
3. 计算BSSE修正能:
        BSSE energy =E(A)+E(B)-E‘(A)-E’(B)
   以及经过BSSE修正以后体系的总能量:
        corrected energy=E(AB)+BSSE energy
一般来说BSSE energy>0,故修正后的体系能量比原来稍高一点。
Nothing_Is_Impossible!
10楼2010-10-27 14:45:02
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ykwang

金虫 (正式写手)

heyo_123(金币+2):谢谢!! 2010-10-28 09:27:38
引用回帖:
Originally posted by fooo at 2010-10-27 15:07:47:
你说的没错,如果是AB体系就好办了。问题在于分子内氢键,本来这就是一个分子,硬要把它切割成A、B两个片段,切割处用补H,分子内氢键固定不动,我不明白的是AB两个片段中与分子内氢键无关的结构怎么办,要优化吗 ...

对于分子内氢键,既不需要切割,当然也不需要作BSSE校正。只需要把有氢键的构象与无氢键的构象在同一基组下进行比较就可以啦。
补充说明:对于同一个分子,如果无分子内氢键的构象不止一个,一定要选取其中能量最低的那一个进行比较。

[ Last edited by ykwang on 2010-10-27 at 16:48 ]
Nothing_Is_Impossible!
13楼2010-10-27 16:04:38
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ykwang

金虫 (正式写手)

heyo_123(金币+2):谢谢!! 2010-10-28 09:28:04
引用回帖:
Originally posted by hakuna at 2010-10-27 17:05:27:


标准的教科书式的答案。

不用G,所以没有体会;想知道的是:
1.“合适的基组”指什么?“合适”的标准是什么?计算E(A)、E(B)、E(AB)时可以采用不同基组吗?

2.“再用计算AB的基组分别计算AB中的片段A ...

关于“合适的基组”并没有绝对标准,要根据具体的分子来评价。但在计算E(A)、E(B)、E(AB)时是可以采用不同基组的,前提是尽可能保证各自的计算误差均在可接受的范围内(关于这一点,也没有绝对标准)。事实上,A和B可能差别很大而不可能采用同样的基组。例如,B中含有重原子(需要混合赝势基组)而A不含重原子(可以采用较大的全电子基组),或者B中含有O、N等具有孤对电子的原子(需要较大的基组描述)而A不含这类原子(没有必要用大基组),我们可以用不同的基组来分别计算它们的构型和能量。
Nothing_Is_Impossible!
17楼2010-10-27 17:34:50
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