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biolinshen

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助/交流】请教:DNA浓度测定 已有4人参与

手头有酶切后切胶纯化(OMEGA)样品两份, 用于qPCR定量。 所以要求对纯化后样品精确定量。100倍稀释后,测定浓度。 手头两台DNA浓度分光光度计,一台Eppendorf 的,一台岛津的。   对两份样品测定得出的浓度差异很大(35, 0)  vs (100, 45) 最主要问题还在于A 样本跑胶条带亮度远小于B样品。另外A260 /A 280 远小于 1.8. 我的问题

1. 有什么办法可以更好去除DNA样品中 蛋白等杂质呢? 我提取的质粒DNA, 酶切后进行胶纯化, 难道还不能保证DNA的纯度?

2.  紫外分光光度计,对DNA浓度的测定准确度如何?  问了不少人,似乎对其精度都表示怀疑。

对各位的建议,谢过先!
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看天

木虫 (知名作家)

不知道 顶一下 希望有人能够帮助
戒嗔怒以养肝气,省言语以养神气,多读书以养质气,顺时令以养元气,不拘节以养大气,观天变以养灵气,莫强求规于运气。
2楼2010-09-11 20:34:56
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girlfisher

金虫 (小有名气)

biolinshen(金币+3):感谢您的建议 2010-09-11 21:33:15
biolinshen(金币+2): 2010-09-12 19:49:07
切胶纯化然后又稀释100倍,这种情况一般你的DNA含量低于1ng/uL,用分光光度计已经完全不准了。
至少也要用原始样品在低样品消耗的nanodrop上测含量,不过还是建议用内参来定量或者用更加准确的Qubit方法确定模板含量。
3楼2010-09-11 20:54:08
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sdqzsdqz

木虫 (著名写手)

同意三楼
4楼2010-09-11 23:11:12
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biolinshen

银虫 (初入文坛)

感谢这位, 你的回答给我很大的帮助。
引用回帖:
Originally posted by girlfisher at 2010-09-11 20:54:08:
切胶纯化然后又稀释100倍,这种情况一般你的DNA含量低于1ng/uL,用分光光度计已经完全不准了。
至少也要用原始样品在低样品消耗的nanodrop上测含量,不过还是建议用内参来定量或者用更加准确的Qubit方法确定模板 ...

5楼2010-09-12 19:50:22
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priorpost06

至尊木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
scelab(金币+5):热心虫友,欢迎多来交流~~~:tiger06::tiger28::tiger23: 2010-09-15 23:23:33
比值小于1.8说明你的DNA样品含有蛋白质,含有蛋白质的话,测算DNA肯定不准,而且会影响到PCR,要保证大于或是等于1.8,不能差距太大。
提取DNA的时候,离心速度要大小适宜,才能去除蛋白质或是最大限度减少蛋白质。
一般细菌用 12000r/min.  1.5mL 的离心管。
用紫外测DNA久必须要用石英比色皿或是比石英更好的,对照和溶解DNA的溶液要超纯。
6楼2010-09-12 20:00:51
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dongfangzz

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
好像用氯仿或是异丙醇就可以分离核酸和蛋白质吧
7楼2010-09-12 20:16:54
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非池中物

过来学习一下
8楼2010-09-12 20:22:11
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biolinshen

银虫 (初入文坛)

感谢priorpost06  的热情帮忙哈。 因为本身DNA浓度不是很高,蛮担心再苯酚氯仿之后,就没剩多少了。  看了岛津的说明书, 检测限说是上样浓度>2 微升。   所以降低稀释倍数,使上样浓度提高到检测限上。 再次用岛津和Eppendorf测定, 两者值基本一致。 但蛋白杂质还是存在且不低,  看来还得先大量富集之后再酚纯化了。   再次感谢各位的帮助
9楼2010-09-15 11:24:29
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