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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 【求助/交流】求助帮忙BLAST序列比对
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xujiangli0

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】求助帮忙BLAST序列比对

本人想要做与我的菌种序列的进化树，但是不会用BLAST与GenBank中其他序列比对，请大家帮忙比对一下，然后把结果下载给我，或者教我怎么比对和下载结果，万分感谢！急用。。。
本人的序列如下tgcagttgag cgctgaaggt tggtacttgt accgactgga tgagcagcga acgggtgagt aacgcgtggg gaatctgcct ttgagcgggg gacaacattt ggaaacgaat gctaataccg  ttaaacacaa gttttaagtt tgaaagatgc aattgcatca ctcaaagatg atcccgcgtt gtattagcta gttggtgagg taaaggctca ccaaggcgat gatacatagccgacctgaga gggtgatcgg ccacattggg actgagacac ggcccaaact cctacgggag gcagcagtag ggaatcttcg gcaatggacg aaagtctgac cgagcaacgc cgcgtgagtg aagaaggttt tcggatcgta aaactctgtt ggtagagaag aacgttggtg agagtggaaa gctcatcaag tgacggtaac tacccagaaa gggacggcta actacgtgcc agcagccgcggtaatacgta ggtcccgagc gttgtccgga tttattgggc gtaaagcgag cgcaggtggt ttattaagtc tggtgtaaaa ggcagtggct caaccattgt atgcattgga aactggtaga cttgagtgca ggagaggaga gtggaattcc atgtgtagcg gtgaaatgcg tagatatatggaggaacacc ggtggcgaaa gcggctctct ggcctgtaac tgacactgag gctcgaaagc gtggggagca aacaggatta gataccctgg tagtccacgc cgtaaacgat gagtgctag tgtagggagc tataagttct ctgtatcgca gctaacgcaa taagcactcc gcctggggagtacgaccgca aggttgaaac tcaaaggaat tgacgggggc ccgcacaagc ggtggagcatgtggtttaat tcgaagcaac gcgaagaacc ttaccaggtc ttgacatact cgtgctattcctagagatag gaagttcctt cgggacacgg gatacaggtg gtgcatggtt gtcgtcagct cgtgtcgtga gatgttgggt taagtcccgc aacgagcgca acccctattg ttagttgccatcattaagtt gggcactcta acgagactgc cggtgataaa ccggaggaag gtggggatga cgtcaaatca tcatgcccct tatgacctgg gctacacacg tgctacaatg gatggtacaa cgagtcgcga gacagtgatg tttagctaat ctcttaaaac cattctcagt tcggattgta ggctgcaact cgcctacatg aagtcggaat cgctagtaat cgcggatcag cacgccgcgg tgaatacgtt cccgggcctt gtac
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1楼 2010-08-18 20:48:27
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)

小木虫职业打酱油滴~~！
★ ★ ★
amisking(金币+3):good！ 2010-08-18 21:58:22
xujiangli0(金币+10):能不能具体教我怎么下载这个序列结果的，谢谢啊 2010-08-19 16:19:38
给你一个有99个序列的结果，都是BLAST前面的99个，有一个是基因组的，没有给你
http://g.zhubajie.com/urllink.php?id=9718642ylhzlgq3q1orlx95
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3楼2010-08-18 21:22:24
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adslye

银虫 (正式写手)
★ ★ ★
amisking(金币+3):欢迎交流！ 2010-08-18 21:58:10
你先进NCBI网站http://www.ncbi.nlm.nih.gov/，点右边的BLAST。
在新窗口中的BLAST Assembled RefSeq Genomes。下点击Microbes 微生物。
在  Enter your query sequence as Accession/GI or FASTA: 下面的框中贴入你的序列。点一下下面的sellect all. 再点下BLAST。
就可以看结果了。
你的结果：乳酸菌和链球菌也许匹配点。自己看吧。我不是学微生物的，所以说的很主观，但基本就是上面的方法（初级版）
下面分别是：基因号，物种，匹配分值（越高越匹配），e值（越低越匹配）
ref|NC_013656.1|  Lactococcus lactis subsp. lactis KF147, comp...  2407    0.0  
ref|NC_002662.1|  Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403, com...  2407    0.0  
ref|NC_008527.1|  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11, com...  2390    0.0  
ref|NC_009004.1|  Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363, c...  2357    0.0  
ref|NZ_ABJK02000007.1|  Streptococcus infantarius subsp. infan...  1807    0.0  
ref|NZ_ABJK02000017.1|  Streptococcus infantarius subsp. infan...  1801    0.0  
ref|NZ_ADVN01000004.1|  Streptococcus parasanguinis ATCC 15912...  1792    0.0  
ref|NZ_AAJO01000018.1|  Streptococcus agalactiae 18RS21 s_agal...  1783    0.0  
ref|NZ_AAJS01000005.1|  Streptococcus agalactiae H36B s_agalac...  1781    0.0  
ref|NZ_AAJS01000007.1|  Streptococcus agalactiae H36B s_agalac...  1781    0.0  
ref|NZ_AAJS01000028.1|  Streptococcus agalactiae H36B s_agalac...  1781    0.0  
ref|NZ_AAJR01000001.1|  Streptococcus agalactiae COH1 s_agalac...  1781    0.0  
ref|NZ_AAJR01000009.1|  Streptococcus agalactiae COH1 s_agalac...  1781    0.0  
ref|NZ_AAJR01000028.1|  Streptococcus agalactiae COH1 s_agalac...  1781    0.0  
ref|NZ_AAJQ01000002.1|  Streptococcus agalactiae CJB111 s_agal...  1781    0.0  
ref|NZ_AAJQ01000013.1|  Streptococcus agalactiae CJB111 s_agal...  1781    0.0  
ref|NZ_AAJQ01000017.1|  Streptococcus agalactiae CJB111 s_agal...  1781    0.0  
ref|NZ_AAJQ01000027.1|  Streptococcus agalactiae CJB111 s_agal...  1781    0.0  
ref|NZ_AAJQ01000049.1|  Streptococcus agalactiae CJB111 s_agal...  1781    0.0  
ref|NZ_AAJQ01000070.1|  Streptococcus agalactiae CJB111 s_agal...  1781    0.0  
ref|NZ_AAJP01000024.1|  Streptococcus agalactiae 515 s_agalact...  1781    0.0  
ref|NC_007432.1|  Streptococcus agalactiae A909, complete genome   1781    0.0  
ref|NC_004368.1|  Streptococcus agalactiae NEM316, complete ge...  1781    0.0  
ref|NC_004116.1|  Streptococcus agalactiae 2603V/R, complete g...  1781    0.0  
ref|NZ_AAJO01000124.1|  Streptococcus agalactiae 18RS21 s_agal...  1773    0.0  
ref|NC_012891.1|  Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimili...  1773    0.0  
ref|NZ_AAJO01000006.1|  Streptococcus agalactiae 18RS21 s_agal...  1770    0.0  
ref|NC_013798.1|  Streptococcus gallolyticus UCN34, complete g...  1768    0.0  
ref|NZ_AAJO01000021.1|  Streptococcus agalactiae 18RS21 s_agal...  1760    0.0  
ref|NZ_ADMV01000001.1|  Streptococcus oralis ATCC 35037 contig...  1759    0.0  
ref|NZ_AAJO01000130.1|  Streptococcus agalactiae 18RS21 s_agal...  1759    0.0  
ref|NZ_AAJO01000148.1|  Streptococcus agalactiae 18RS21 s_agal...  1757    0.0  
ref|NZ_AAJO01000012.1|  Streptococcus agalactiae 18RS21 s_agal...  1746    0.0  
ref|NZ_AAFV01000024.1|  Streptococcus pyogenes M49 591 SpyoM01...  1746    0.0  
gb|ACRK01000025.1|  Streptococcus sp. M143 cont1.25, whole gen...  1744    0.0  
ref|NC_011375.1|  Streptococcus pyogenes NZ131 chromosome, com...  1740    0.0  
ref|NC_009332.1|  Streptococcus pyogenes str. Manfredo, comple...  1740    0.0  
ref|NC_008024.1|  Streptococcus pyogenes MGAS10750 chromosome,...  1740    0.0  
ref|NC_008023.1|  Streptococcus pyogenes MGAS2096 chromosome, ...  1740    0.0  
ref|NC_008022.1|  Streptococcus pyogenes MGAS10270 chromosome,...  1740    0.0  
ref|NC_008021.1|  Streptococcus pyogenes MGAS9429 chromosome, ...  1740    0.0  
ref|NC_007297.1|  Streptococcus pyogenes MGAS5005 chromosome, ...  1740    0.0  
ref|NC_007296.1|  Streptococcus pyogenes MGAS6180 chromosome, ...  1740    0.0  
ref|NC_006086.1|  Streptococcus pyogenes MGAS10394 chromosome,...  1740    0.0  
ref|NC_004606.1|  Streptococcus pyogenes SSI-1, complete genome    1740    0.0  
ref|NC_004070.1|  Streptococcus pyogenes MGAS315, complete genome  1740    0.0  
ref|NC_002737.1|  Streptococcus pyogenes M1 GAS chromosome, co...  1740    0.0  
ref|NC_013853.1|  Streptococcus mitis B6, complete genome          1738    0.0  
ref|NC_006449.1|  Streptococcus thermophilus CNRZ1066 chromoso...  1736    0.0  
ref|NC_006448.1|  Streptococcus thermophilus LMG 18311 chromos...  1736    0.0  
ref|NC_003485.1|  Streptococcus pyogenes MGAS8232, complete ge...  1735    0.0  
ref|NZ_ACLO01000035.1|  Streptococcus salivarius SK126 contig0...  1731    0.0  
ref|NC_009009.1|  Streptococcus sanguinis SK36, complete genome    1731    0.0  
ref|NC_008532.1|  Streptococcus thermophilus LMD-9, complete g...  1731    0.0  
emb|CACE01000039.1|  Streptococcus pneumoniae SPN1041 whole ge...  1727    0.0  
ref|NZ_ABGF01000013.1|  Streptococcus pneumoniae CDC0288-04 gc...  1727    0.0  
ref|NC_012467.1|  Streptococcus pneumoniae P1031, complete genome  1727    0.0  
ref|NC_011900.1|  Streptococcus pneumoniae ATCC 700669, comple...  1727    0.0  
ref|NC_011134.1|  Streptococcus equi subsp. zooepidemicus MGCS...  1725    0.0  
gb|ABWC01000018.1|  Streptococcus pneumoniae BS397 ctg138, who...  1722    0.0  
gb|ABWB01000066.1|  Streptococcus pneumoniae BS457 ctg00014, w...  1722    0.0  
gb|ABWA01000073.1|  Streptococcus pneumoniae BS458 ctg00092, w...  1722    0.0  
gb|ABWU01000026.1|  Streptococcus pneumoniae SP-BS293 ctg169, ...  1722    0.0  
gb|ABWQ01000022.1|  Streptococcus pneumoniae SP14-BS292 ctg155...  1722    0.0  
gb|ADHN01000066.1|  Streptococcus pneumoniae BS455 ctg00069, w...  1722    0.0  
emb|CACJ01000026.1|  Streptococcus pneumoniae SPN061370 whole ...  1722    0.0  
emb|CACI01000019.1|  Streptococcus pneumoniae SPN072838 whole ...  1722    0.0  
emb|CACH01000022.1|  Streptococcus pneumoniae SPN021198 whole ...  1722    0.0  
ref|NZ_ABGH01000001.1|  Streptococcus pneumoniae MLV-016 gcont...  1722    0.0  
ref|NZ_ABGH01000004.1|  Streptococcus pneumoniae MLV-016 gcont...  1722    0.0  
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ref|NC_012471.1|  Streptococcus equi subsp. equi 4047, complet...  1718    0.0

[ Last edited by adslye on 2010-8-18 at 21:23 ]
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2楼2010-08-18 21:21:42
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