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欣晴5832

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】序列人工校正与构建系统发育树 已有3人参与

很多文献对序列分析的具体描述是“利用CLUSTAL X程序进行对位排列,并经手工校正”请问什么情况下需要手工校正?又该怎么校正呢?

还有一个问题是用mega构建了一个系统发育树,可是同一物种不同种群个体所在分支插入了不少其他的物种,事实上同一物种不同种群个体间碱基差异很小(相对于不同物种间而言),请问这种现象该如何解释呀?是因为建树方法不合适吗?我用的是NJ法,十分感谢!
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欣晴5832

金虫 (小有名气)

还请大家多多指教!
2楼2010-07-14 11:36:11
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cnlics

木虫 (小有名气)


欣晴5832(金币+1):谢谢参与
手工校正应该只是为了图形好看些吧?

NJ法是常用算法,没有问题。你的结果可能和你所用的序列有关。
3楼2010-07-14 11:40:22
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欣晴5832

金虫 (小有名气)

那请问怎么才能检测系统树中是否有“长枝吸引”的影响啊?又怎么排除“长枝吸引”的干扰呢?
4楼2010-07-18 10:33:45
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一凡8665

金虫 (小有名气)


欣晴5832(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by cnlics at 2010-07-14 11:40:22:
手工校正应该只是为了图形好看些吧?

NJ法是常用算法,没有问题。你的结果可能和你所用的序列有关。

好像和外类群的选择有关系。但是不确定。
5楼2010-07-18 12:17:10
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cnlics

木虫 (小有名气)

欣晴5832(金币+2):希望能多多交流!谢谢! 2010-07-18 21:38:10
NJ算法正确的基本前提是,进化是随机过程。但实际上是伪随机的。如果NJ算法结果不好,可以试试其它方法,得到好的结果即可,说不定你的结果会成为同领域的工作者争相引用的呢。
6楼2010-07-18 19:15:14
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欣晴5832

金虫 (小有名气)

借楼上虫友吉言吧!呵呵!
现在又用别的方法构建了系统树,但就像前面说的,不知道有没有“长枝吸引”
7楼2010-07-18 21:41:35
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vprincev

金虫 (小有名气)


欣晴5832(金币+1): 谢谢参与
我是来找NLJ算法程序的
8楼2012-11-05 17:17:12
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秋月正孤

新虫 (初入文坛)


欣晴5832(金币+1): 谢谢参与
我也是来找NLJ算法的。。。
9楼2013-05-02 22:32:59
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