24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 2063  |  回复: 8

欣晴5832

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】序列人工校正与构建系统发育树 已有3人参与

很多文献对序列分析的具体描述是“利用CLUSTAL X程序进行对位排列,并经手工校正”请问什么情况下需要手工校正?又该怎么校正呢?

还有一个问题是用mega构建了一个系统发育树,可是同一物种不同种群个体所在分支插入了不少其他的物种,事实上同一物种不同种群个体间碱基差异很小(相对于不同物种间而言),请问这种现象该如何解释呀?是因为建树方法不合适吗?我用的是NJ法,十分感谢!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欣晴5832

金虫 (小有名气)

还请大家多多指教!
2楼2010-07-14 11:36:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cnlics

木虫 (小有名气)


欣晴5832(金币+1):谢谢参与
手工校正应该只是为了图形好看些吧?

NJ法是常用算法,没有问题。你的结果可能和你所用的序列有关。
3楼2010-07-14 11:40:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欣晴5832

金虫 (小有名气)

那请问怎么才能检测系统树中是否有“长枝吸引”的影响啊?又怎么排除“长枝吸引”的干扰呢?
4楼2010-07-18 10:33:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一凡8665

金虫 (小有名气)


欣晴5832(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by cnlics at 2010-07-14 11:40:22:
手工校正应该只是为了图形好看些吧?

NJ法是常用算法,没有问题。你的结果可能和你所用的序列有关。

好像和外类群的选择有关系。但是不确定。
5楼2010-07-18 12:17:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cnlics

木虫 (小有名气)

欣晴5832(金币+2):希望能多多交流!谢谢! 2010-07-18 21:38:10
NJ算法正确的基本前提是,进化是随机过程。但实际上是伪随机的。如果NJ算法结果不好,可以试试其它方法,得到好的结果即可,说不定你的结果会成为同领域的工作者争相引用的呢。
6楼2010-07-18 19:15:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欣晴5832

金虫 (小有名气)

借楼上虫友吉言吧!呵呵!
现在又用别的方法构建了系统树,但就像前面说的,不知道有没有“长枝吸引”
7楼2010-07-18 21:41:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vprincev

金虫 (小有名气)


欣晴5832(金币+1): 谢谢参与
我是来找NLJ算法程序的
8楼2012-11-05 17:17:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

秋月正孤

新虫 (初入文坛)


欣晴5832(金币+1): 谢谢参与
我也是来找NLJ算法的。。。
9楼2013-05-02 22:32:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 欣晴5832 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 申博/考博 +3 啃面包的小书虫 2026-04-17 4/200 2026-04-17 23:54 by 阳阳阳^_^
[考研] 求调剂 +9 小聂爱学习 2026-04-16 11/550 2026-04-17 22:34 by chixmc
[考研] 304求调剂 +7 castLight 2026-04-16 7/350 2026-04-17 20:05 by 关一盏灯cd
[考研] 接受任何调剂 +4 也就是栗子 2026-04-17 4/200 2026-04-17 17:57 by Equinoxhua
[考研] 0854求调剂 +21 门路摸摸 2026-04-15 25/1250 2026-04-17 15:45 by qzxyhcsy
[考研] 335求调剂 +20 想上岸呀!! 2026-04-12 23/1150 2026-04-17 10:50 by cuisz
[考研] 300求调剂 +11 橙a777 2026-04-15 11/550 2026-04-16 22:43 by cfdbai
[考研] 22408 312求调剂 +23 门路摸摸 2026-04-14 25/1250 2026-04-16 21:21 by Art1977
[考研] 一志愿沪9,生物学326求调剂 +9 刘墨墨 2026-04-15 9/450 2026-04-16 17:14 by 崔崔崔cccc
[考研] 297,工科调剂?河南农业大学本科 +14 河南农业大学-能 2026-04-14 14/700 2026-04-16 14:41 by dingyanbo1
[考研] 26药学专硕105500求调剂 +6 喽哈加油 2026-04-13 7/350 2026-04-16 14:31 by zhouxiaoyu
[基金申请] RY:中国产出的科学垃圾论文,绝对数量和比例都世界第一 +7 zju2000 2026-04-14 18/900 2026-04-16 11:36 by 欢乐颂叶蓁
[考研] 327求调剂 +26 Xxjc1107. 2026-04-13 29/1450 2026-04-16 10:52 by Espannnnnol
[考研] 279学硕食品专业求调剂院校 20+7 孤独的狼爱吃羊 2026-04-12 29/1450 2026-04-16 09:00 by screening
[考研] 求调剂学校 +14 不会吃肉 2026-04-13 16/800 2026-04-15 21:59 by noqvsozv
[考研] B区0809 ,数一英一,290 求调剂 +3 泠潍1111 2026-04-12 4/200 2026-04-13 20:35 by 学员JpLReM
[考研] 344 材料专业 求调剂211 无地域要求 +8 hualkop 2026-04-11 8/400 2026-04-12 22:24 by fqwang
[考研] 调剂结束 +6 floriea 2026-04-12 8/400 2026-04-12 18:13 by zhouxiaoyu
[考研] 291求调剂 +8 关忆北. 2026-04-11 8/400 2026-04-12 09:32 by 逆水乘风
[考研] 331求调剂 +5 王国帅 2026-04-11 5/250 2026-04-11 22:56 by 溪涧流水
信息提示
请填处理意见