应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】序列人工校正与构建系统发育树
91/1返回列表
查看: 2314  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

欣晴5832

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】序列人工校正与构建系统发育树 已有3人参与

很多文献对序列分析的具体描述是“利用CLUSTAL X程序进行对位排列，并经手工校正”请问什么情况下需要手工校正？又该怎么校正呢？

还有一个问题是用mega构建了一个系统发育树，可是同一物种不同种群个体所在分支插入了不少其他的物种，事实上同一物种不同种群个体间碱基差异很小（相对于不同物种间而言），请问这种现象该如何解释呀？是因为建树方法不合适吗？我用的是NJ法，十分感谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-07-14 11:22:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欣晴5832

金虫 (小有名气)
还请大家多多指教！
赞一下 回复此楼
2楼2010-07-14 11:36:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cnlics

木虫 (小有名气)
★
欣晴5832(金币+1):谢谢参与
手工校正应该只是为了图形好看些吧？

NJ法是常用算法，没有问题。你的结果可能和你所用的序列有关。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2010-07-14 11:40:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欣晴5832

金虫 (小有名气)
那请问怎么才能检测系统树中是否有“长枝吸引”的影响啊？又怎么排除“长枝吸引”的干扰呢？
赞一下 回复此楼
4楼2010-07-18 10:33:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一凡8665

金虫 (小有名气)
★
欣晴5832(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by cnlics at 2010-07-14 11:40:22:
手工校正应该只是为了图形好看些吧？

NJ法是常用算法，没有问题。你的结果可能和你所用的序列有关。

好像和外类群的选择有关系。但是不确定。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-07-18 12:17:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cnlics

木虫 (小有名气)
欣晴5832(金币+2):希望能多多交流！谢谢！ 2010-07-18 21:38:10
NJ算法正确的基本前提是，进化是随机过程。但实际上是伪随机的。如果NJ算法结果不好，可以试试其它方法，得到好的结果即可，说不定你的结果会成为同领域的工作者争相引用的呢。
赞一下 回复此楼
6楼2010-07-18 19:15:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欣晴5832

金虫 (小有名气)
借楼上虫友吉言吧！呵呵！
现在又用别的方法构建了系统树，但就像前面说的，不知道有没有“长枝吸引”
赞一下 回复此楼
7楼2010-07-18 21:41:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

vprincev

金虫 (小有名气)
★
欣晴5832(金币+1): 谢谢参与
我是来找NLJ算法程序的
赞一下 回复此楼
8楼2012-11-05 17:17:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

秋月正孤

新虫 (初入文坛)
★
欣晴5832(金币+1): 谢谢参与
我也是来找NLJ算法的。。。
赞一下 回复此楼
9楼2013-05-02 22:32:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 欣晴5832 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 8/400 2026-08-23 00:28 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 3/150 2026-08-22 22:03 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 3/150 2026-08-22 22:03 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 什么时候开奖？ +7 CrisMessi 2026-08-18 8/400 2026-08-22 18:29 by 淀粉搬运工
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 4/200 2026-08-22 16:52 by sunzitan
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭