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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助/交流】序列人工校正与构建系统发育树
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欣晴5832

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】序列人工校正与构建系统发育树 已有3人参与

很多文献对序列分析的具体描述是“利用CLUSTAL X程序进行对位排列，并经手工校正”请问什么情况下需要手工校正？又该怎么校正呢？

还有一个问题是用mega构建了一个系统发育树，可是同一物种不同种群个体所在分支插入了不少其他的物种，事实上同一物种不同种群个体间碱基差异很小（相对于不同物种间而言），请问这种现象该如何解释呀？是因为建树方法不合适吗？我用的是NJ法，十分感谢！
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1楼 2010-07-14 11:22:40
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欣晴5832

金虫 (小有名气)
还请大家多多指教！
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2楼2010-07-14 11:36:11
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cnlics

木虫 (小有名气)
★
欣晴5832(金币+1):谢谢参与
手工校正应该只是为了图形好看些吧？

NJ法是常用算法，没有问题。你的结果可能和你所用的序列有关。
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3楼2010-07-14 11:40:22
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欣晴5832

金虫 (小有名气)
那请问怎么才能检测系统树中是否有“长枝吸引”的影响啊？又怎么排除“长枝吸引”的干扰呢？
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4楼2010-07-18 10:33:45
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一凡8665

金虫 (小有名气)
★
欣晴5832(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by cnlics at 2010-07-14 11:40:22:
手工校正应该只是为了图形好看些吧？

NJ法是常用算法，没有问题。你的结果可能和你所用的序列有关。

好像和外类群的选择有关系。但是不确定。
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5楼2010-07-18 12:17:10
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cnlics

木虫 (小有名气)
欣晴5832(金币+2):希望能多多交流！谢谢！ 2010-07-18 21:38:10
NJ算法正确的基本前提是，进化是随机过程。但实际上是伪随机的。如果NJ算法结果不好，可以试试其它方法，得到好的结果即可，说不定你的结果会成为同领域的工作者争相引用的呢。
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6楼2010-07-18 19:15:14
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欣晴5832

金虫 (小有名气)
借楼上虫友吉言吧！呵呵！
现在又用别的方法构建了系统树，但就像前面说的，不知道有没有“长枝吸引”
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7楼2010-07-18 21:41:35
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vprincev

金虫 (小有名气)
★
欣晴5832(金币+1): 谢谢参与
我是来找NLJ算法程序的
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8楼2012-11-05 17:17:12
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秋月正孤

新虫 (初入文坛)
★
欣晴5832(金币+1): 谢谢参与
我也是来找NLJ算法的。。。
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9楼2013-05-02 22:32:59
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