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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 【求助/交流】请教clustal 多重序列比对出现的问题
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gdpn900

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】请教clustal 多重序列比对出现的问题 已有3人参与

现在要将11个氨基酸序列进行比对，
由于这个蛋白的氨基酸序列的N端存在着3段具有较高相似性的重复序列，
在哺乳动物中发现的这个蛋白是存在3个这样的重复序列，假设为A、B、C，
在非哺乳动物中目前发现的仅仅有第三个重复序列，C，

由于这三个序列存在着相似性，所以将非哺乳动物的序列去和哺乳动物的比对时，
非哺乳动物的C可能和A或者B就开始配对上，而不会对应到C上，
这样一来比对就导致产生与之前一些结论不同的结果。

到底该如何解决呢？

不知道能不能理解清楚我讲的意思
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1楼 2010-07-10 10:05:24
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gdpn900

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by ben1147 at 2010-07-12 17:38:37:
用同一结构域的片段比对

谢谢您的提示

这个问题确实不清楚如何处理才算合理

我用相同的序列，

分别用了clustal X 1.8和 2.0进行比对

比对的结果也存在差异
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6楼2010-07-13 00:06:28
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tiantianwen

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+2):鼓励新虫交流。 2010-07-10 12:12:20
序列对比对比一样的，不一样的会用代号标出的！
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-07-10 11:53:17
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gdpn900

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by tiantianwen at 2010-07-10 11:53:17:
序列对比对比一样的，不一样的会用代号标出的！

呃 看来我没讲清楚问题
赞一下 回复此楼
3楼2010-07-10 12:14:20
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ben1147

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
用同一结构域的片段比对
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2010-07-12 17:38:37
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