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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】怎样从一段序列中查找基因结构
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ahui1883

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】怎样从一段序列中查找基因结构已有8人参与

最近测序获得一段序列，想知道其中是不是含有编码基因的序列，还有就是编码什么基因，这个应该怎么查找啊。请各位大侠帮忙，不胜感激啊。
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海阔凭鱼跃，天高任鸟飞。
1楼2010-06-25 10:01:58
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ilxly

木虫 (小有名气)
★
ahui1883(金币+1):谢谢参与
ncbi上的cds一般就是该基因的编码序列
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2楼2010-06-25 10:12:08
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ahui1883

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by ilxly at 2010-06-25 10:12:08:
ncbi上的cds一般就是该基因的编码序列

但是我这个序列是一段随即的，我不确定它可以不可以编码基因啊。那怎么办？
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海阔凭鱼跃，天高任鸟飞。
3楼2010-06-25 10:13:48
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jiaminl

铁杆木虫 (知名作家)
★
ahui1883(金币+1):谢谢参与
友情支持
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Nevergiveup!
4楼2010-06-25 16:25:26
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liyong1981

金虫 (正式写手)
★
ahui1883(金币+1):谢谢参与
先比对，查找相关信息~再设计引物，上下游扩增，对了，你的这段多长啊?说都没说清楚~真核还是原核，你说清楚~
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5楼2010-06-25 16:53:59
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xiaoxiao198439

银虫 (小有名气)
★ ★
ahui1883(金币+1):谢谢参与
lstt09nk(金币+1):欢迎多多交流~~ 2010-06-25 17:17:51
先扔到NCBI上做一下blast吧，看看是不是基因，跟哪些物种相似。编码就是能翻译蛋白的意思啊，因为有很多基因是不能翻译蛋白的，所以基因分成了编码基因和非编码基因，比如现在很热的miRNA就是非编码基因转录出来的。
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6楼2010-06-25 17:05:02
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zemin_fang

木虫 (正式写手)
★
ahui1883(金币+1):谢谢参与
ORF Finder
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html
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7楼2010-06-25 17:38:14
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xjxlqr2008

金虫 (初入文坛)
★
ahui1883(金币+1):谢谢参与
Each gene can function specific protein, and work independently,  gene ,no matter what it is has specific region called encoding sequence and non-encoding sequence,
encoding region will function corresponding protein, nonencoding region will be spliced during transciption stage, that's called RNA splicing.
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8楼2010-06-25 17:57:40
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ahui1883

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by liyong1981 at 2010-06-25 16:53:59:
先比对，查找相关信息~再设计引物，上下游扩增，对了，你的这段多长啊?说都没说清楚~真核还是原核，你说清楚~

我主要是做真核生物的多样性，目前找到同种不同菌株的一段相似序列，大约1100bp，它们在这段序列上的碱基差异可以找到，但是我想进一步知道这段序列是不是编码某个基因，这个怎么查啊。谢谢
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海阔凭鱼跃，天高任鸟飞。
9楼2010-07-02 20:18:48
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ahui1883

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by xiaoxiao198439 at 2010-06-25 17:05:02:
先扔到NCBI上做一下blast吧，看看是不是基因，跟哪些物种相似。编码就是能翻译蛋白的意思啊，因为有很多基因是不能翻译蛋白的，所以基因分成了编码基因和非编码基因，比如现在很热的miRNA就是非编码基因转录出来的。

我现在的序列1100bp左右，就是想知道它是不是基因，以及是编码基因还是非编码基因。这个应该怎么做啊？请高手指点
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海阔凭鱼跃，天高任鸟飞。
10楼2010-07-02 20:26:56
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