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snoopyzxx

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助/交流】大家觉得这个结果怎么解释?已有8人参与

最近PCR,电泳时发现除了目的带以外,多了一些不明条带,随着电泳时间的延长而逐渐减弱,直至消失。后来实验证实是loading buffer的问题。我用的buffer是takara随内切酶提供的10*buffer,向该公司反映后,该公司回复说是该buffer只能用于内切酶后电泳,不推荐用于PCR产物电泳,其解释是其中不明条带是SDS。
不知道大家碰到过这种情况没有?
详见下图,其中箭头标示的都是不明条带。


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fungixx

至尊木虫 (文坛精英)

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snoopyzxx(金币+1):谢谢参与
始终觉得是pcr扩增的一些非特异性的条带,它们大小不一但是相差不是很大,随着电泳时间的加长,逐渐分开并扩大稀释,就看不到了;
居然还有这种原因(loading buffer的原因),没有想到过;
可是不加pcr产物的任何点都没有这条带啊
几年前踏上火车那一刻都还没有意识到,从此故乡只有冬夏,再无春秋
2楼2010-05-25 22:24:11
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snoopyzxx

木虫 (著名写手)

大家注意第一张图右边有各泳道的上样情况。
其中有三组对照实验,每组都有只有loading buffer的孔,只有loadingbuffer的孔里也有非目的带。
而且6、7、8、9是用的另一公司的作为对照,这一组里面没有不明条带。所以从这里我判断是loading buffer的问题。
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3楼2010-05-25 22:33:59
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snoopyzxx

木虫 (著名写手)

以下为上面图片的较清晰版。
分别对应上面的图。




[ Last edited by snoopyzxx on 2010-5-25 at 22:41 ]
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4楼2010-05-25 22:39:07
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wordsworth3180

木虫 (正式写手)


snoopyzxx(金币+1):谢谢参与
我一直都用那个buffer啊,没有什么异常的。
5楼2010-05-25 22:53:26
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snoopyzxx

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by wordsworth3180 at 2010-05-25 22:53:26:
我一直都用那个buffer啊,没有什么异常的。

你用的它的内切酶用的10*loading buffer跑过PCR产物吗?
还有观察过电泳初期和电泳结束时的情况没?
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6楼2010-05-25 23:01:49
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一个小虫子

金虫 (小有名气)


snoopyzxx(金币+1):谢谢参与
这个没有什么异常啊
提高自己
7楼2010-05-26 08:37:22
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最爱花诗雨

金虫 (正式写手)

穷鬼


snoopyzxx(金币+1):谢谢参与
我觉得应该是你的PCR产物大小不一,有咋带,但杂带中各种大小的片段的量不一样,随着时间的延长,杂带也会被分开,含量少的杂片段会越来越不清晰。
有你要的条带,并且含量还可以的话就差不多了吧
仅供参考

[ Last edited by 最爱花诗雨 on 2010-5-26 at 09:47 ]
严于律己,宽以待人
8楼2010-05-26 09:46:37
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zailixin

木虫 (著名写手)


snoopyzxx(金币+1):谢谢参与
换6*loading buffer跑过PCR产物试试,如果没有问题就是buffer的事了。
9楼2010-05-26 10:25:32
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missu

金虫 (小有名气)


snoopyzxx(金币+1):谢谢参与
我觉得只要不影响你切胶和后面的实验就没什么大不了了
你的目的是PCR产物,过多关注这些问题没意义的
10楼2010-05-26 11:03:06
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