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holyala

木虫 (著名写手)

砖家

[交流] 【求助/交流】求高人指点：RNA打断的原理 已有4人参与

RNA在构建测序文库前通常需要打断成一定大小的片段然后再做后续步骤
实验室用的打断试剂为Ambion的Fragmentation Reagent
主要成分是Tris acetate，KOAc and MgOAc，pH 8.1
最近跟同事讨论该试剂打断RNA的原理，但是一直没有结果，故求高人指点~~~呵呵
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1楼 2010-05-19 17:43:17
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zhwenxing

木虫 (著名写手)

尛森蟲
holyala(金币+1): 2010-05-25 11:38:27
去  华大基因 问问吧，他们应该很清楚这个。以前建库，没有用这种方法。
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2楼2010-05-19 17:52:14
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holyala

木虫 (著名写手)

砖家
引用回帖:
Originally posted by zhwenxing at 2010-05-19 17:52:14:
去  华大基因 问问吧，他们应该很清楚这个。以前建库，没有用这种方法。

呵呵，谢谢！不过...俺就是混华大的，和我讨论这个问题的同事正是做转录组文库构建的~~我们也有很多欠缺的知识啊。
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3楼2010-05-19 18:29:56
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linxi8579

铜虫 (正式写手)
holyala(金币+1): 2010-05-25 11:38:33
你就是华大的，你们也做小RNA测序是吧，前段时间你们搞讲座我问了一下测一个要一万五左右，能便宜到什么程度啊。还有你们可不可以告诉我测序的具体流程，这样我们在准备样品时也好注意，我正想给你们打电话呢。
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4楼2010-05-19 21:32:25
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holyala

木虫 (著名写手)

砖家
引用回帖:
Originally posted by linxi8579 at 2010-05-19 21:32:25:
你就是华大的，你们也做小RNA测序是吧，前段时间你们搞讲座我问了一下测一个要一万五左右，能便宜到什么程度啊。还有你们可不可以告诉我测序的具体流程，这样我们在准备样品时也好注意，我正想给你们打电话呢。

恩，价格方面我不好说，因为我是研发部的，价格得和市场部的同事谈哦。
至于small RNA测序的流程，简单来说就是PAGE电泳分离、切胶回收目的片段，加测序接头，反转录成DNA，文库检测，上机测序。准备样品的话，small RNA组对样品接收有专门的标准，你可以参考他们的标准进行制备。
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5楼2010-05-20 10:15:03
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linxi8579

铜虫 (正式写手)
非常感谢您的回复啊，流程我在文献里看到过这些，但是反转成cDNA后还要与文库检测，这步是如何进行的呢？谢谢啦。
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6楼2010-05-20 18:38:24
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holyala

木虫 (著名写手)

砖家
引用回帖:
Originally posted by linxi8579 at 2010-05-20 18:38:24:
非常感谢您的回复啊，流程我在文献里看到过这些，但是反转成cDNA后还要与文库检测，这步是如何进行的呢？谢谢啦。

文库检测就是做Aglient Bioanalyzer 2100和qPCR，2100检测是为了确定片段大小是否合适，qPCR则是为了定量以便上机组确定使用量和稀释倍数。这些工作都不需客户来做啊，只要送样过来，后面的建库和检测工作都有专人负责的。

呃..我们跑偏了~~我发这个帖是为了求RNA打断原理的呀


[ Last edited by holyala on 2010-5-21 at 10:53 ]
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7楼2010-05-21 10:52:02
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jasco

木虫 (正式写手)
holyala(金币+1): 2010-05-25 11:38:40
帮顶，顺便学习
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8楼2010-05-21 11:14:23
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linxi8579

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by holyala at 2010-05-21 10:52:02:


文库检测就是做Aglient Bioanalyzer 2100和qPCR，2100检测是为了确定片段大小是否合适，qPCR则是为了定量以便上机组确定使用量和稀释倍数。这些工作都不需客户来做啊，只要送样过来，后面的建库和检测工作都有 ...

呵呵，谢谢啦。
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9楼2010-05-22 22:03:14
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