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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 【求助/交流】eric pcr 电泳，怎么计算，然后spss聚类分析
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gaoyu_8848

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助/交流】eric pcr 电泳，怎么计算，然后spss聚类分析 已有3人参与

各位师兄、师姐：
     你们好！请赐教--我已经跑了eric pcr电泳图谱，根据跑的marker，用quantity one 计算出了每个条带的大小（bp），用怎么处理数据才能在spss里进行聚类分析。spss里每个变量按顺序放吗？没有条带的就用0补？麻烦谁能传一份spss的文件给我看看，或者excel里排好的也行。我是这样排的，如图。

看到其他网站上说分析RAPD的电泳结果，首先计算bsr，即带纹相似率，然后在此基础上得出遗传距离，再聚类！我觉得ericr也应该这样，请问怎么算出bsr，即带纹相似率，怎么在此基础上得出遗传距离，分别用什么软件？谢谢各位了
回复也可以，发我邮箱也行。gaoyu_8848@sina.com
谢谢
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1楼 2010-03-25 19:06:12
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wlw1013

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dhd997(金币+1):谢谢交流。 2010-06-28 08:37:37
引用回帖:
Originally posted by gaoyu_8848 at 2010-03-25 19:06:12:
各位师兄、师姐：
     你们好！请赐教--我已经跑了eric pcr电泳图谱，根据跑的marker，用quantity one 计算出了每个条带的大小（bp），用怎么处理数据才能在spss里进行聚类分析。spss里每个变量按顺序放吗？没 ...

关于相似性系数, 计算公式如下:
S = 2NAB/ ( NA + NB)
其中NAB为两基因型共有扩增带, NA 为基因型A
拥有的扩增带, NB 为基因型B 拥有的扩增带

遗传距离D (D一1一F)
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2楼2010-06-27 22:19:24
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jingrong978

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-05-26 18:23:59
您好，我想问一下您的ERIC-PCR体系及扩增温度设置条件。我也是做ERIC聚类，但是做了四个月了还是不大理想。我是25微的体积，缓冲液2.5微，镁1.5微，dNTP微，引物1微，酶0.5微。95℃，4mi;，95℃，30s;65℃，1min;72℃，1min;72℃，10min.30个循环。
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攻读海洋石油降解菌研究
3楼2014-05-25 11:26:21
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懒一番

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by jingrong978 at 2014-05-25 11:26:21
您好，我想问一下您的ERIC-PCR体系及扩增温度设置条件。我也是做ERIC聚类，但是做了四个月了还是不大理想。我是25微的体积，缓冲液2.5微，镁1.5微，dNTP微，引物1微，酶0.5微。95℃，4mi;，95℃，30s;65℃，1min;72 ...

同跪求，我也是这个情况，做了好久都没什么结果
赞一下 回复此楼
4楼2014-11-27 20:10:06
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