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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】MS建模导入lammps问题求救
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susie8642

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】MS建模导入lammps问题求救已有8人参与

使用ms建立单晶硅模型后用lammps的msi2lmp生成Si.lammp05文件，其中的masses、pair coeffs、bond coeffs、angle coeffs等都为0，请教原因是什么呢？
还有想问一下，ms生成的对称结构没有办法完全导入lammps嘛？
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1楼2010-03-23 13:12:10
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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lei0736(金币+3):谢谢 2010-03-31 09:16
你按照LAMMPS结构，吧MS中文件保存为PDB格式，然后就自己编程了，使用EXCEL的分列格式能够选择PDB文件中需要的列数，然后读入，然后书号格子，确定好格式，输出，FORTRAN做这个功能很好第一次OPEN开INPUT文件，第二次OPEN开LAMMPS的输入文件，就OK了。
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好好学习，天天向上。
4楼2010-03-30 22:26:58
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普通回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-03-25 11:57
也许要编程吧？我看到源代码中，都有转化的源程序。
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2楼2010-03-25 11:06:18
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qifu

银虫 (小有名气)
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高手 回答一下我也需要！
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3楼2010-03-29 11:14:08
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susie8642

铜虫 (小有名气)

继续请教

引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2010-03-30 22:26:58:
你按照LAMMPS结构，吧MS中文件保存为PDB格式，然后就自己编程了，使用EXCEL的分列格式能够选择PDB文件中需要的列数，然后读入，然后书号格子，确定好格式，输出，FORTRAN做这个功能很好第一次OPEN开INPUT文件，第 ...

感谢3楼。还是有些问题想请教一下，保存为pdb文件后用excel打开发现只有晶格位置信息。那些coeff信息并没有包含。之前是另存为.car文件的，coeff显示为0。这是ms本身的问题嘛？
另外，用fortran读入的内容是直接形成read-data文件嘛？
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5楼2010-03-31 10:50:33
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老虎大王

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-31 14:27
这算是问题么？为零的地方，你自己再添上不就妥了吗？只要把原子位置倒过去了，其它的小细节，手动改改不费事，反正你总是要检查一遍的。
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6楼2010-03-31 14:18:54
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-08 20:38
MS转到别的软件做法应该也是一样的。。
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7楼2010-04-08 20:15:24
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ntxsx

新虫 (初入文坛)
受教了
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8楼2010-04-09 13:12:49
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zyj8119

木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-22 20:03
其实其他的软件也可以读入文件的，这个功能几乎所有的语言都有，甚至MATLAB...
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好好学习，天天向上。
9楼2010-04-22 19:18:59
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139564@chen

金虫 (小有名气)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-25 18:04:24
我也遇到这个问题，我的错误时因为，在MS中用Dreiding力场保存的*.crd和*.mdf文件，然后强制利用msi2lammps.exe转化成data文件。但是lammps只提供cvff力场的转换，所以生成的data文件的一系列系数都是0了。
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杂草 就要用杂草的方式去生活
10楼2013-11-25 16:27:06
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