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水月慧心

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】dmol搜索过渡态的出现固定原子无法配对问题 已有1人参与

请教大家一个问题: 在搜索过渡态时候出现这个问题  

Error: Fixed coordinate mismatch:    2.195527   2.442696
Error: Fixed coordinates should match in both structures to within     0.0010
Message: DMol3 job failed
Error: DMol3 exiting
我在反应物和生成物中都有固定原子,可是我一一对照了 反应物和产物中固定原子的坐标都是一样的,在进行原子配对的时候没有出现问题 可是一运算就出现这个错误,要是固定原子的坐标不一样,在原子配对的时候就应该没办法进行,为什么我能进行原子配对,当运行计算的时候仍会出现这个问题呢?希望大家能帮帮我
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zeozhou

木虫 (小有名气)

★ ★
aylayl08(金币+2):谢谢你的建议欢迎讨论 2010-03-19 08:06
水月慧心(金币+1): 2010-07-07 12:31:03
这个错误我也遇到过,明明是固定了,但是反应物和产物都会有坐标变化。我的做法是,取优化后的反应物(或产物),重新构建产物(或反应物)来进行优化计算,最后得到的结构再去拿来配对找过渡态。
2楼2010-03-18 21:55:21
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水月慧心

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by zeozhou at 2010-03-18 21:55:21:
这个错误我也遇到过,明明是固定了,但是反应物和产物都会有坐标变化。我的做法是,取优化后的反应物(或产物),重新构建产物(或反应物)来进行优化计算,最后得到的结构再去拿来配对找过渡态。

我的产物就是把优化好后的反应物复制过来 然后再做改动的,当然改动的地方都是未固定的原子部分,可是仍旧会出现这样的问题,怎么办呢?能再进一步讨论吗? 谢谢
3楼2010-07-07 12:30:58
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rik203

金虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
请问您这个问题是怎么解决的呢?
岂能尽如人意,但求竭尽所能
4楼2013-08-03 10:52:21
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水月慧心

金虫 (正式写手)

额 我忘记了 好像解决不了 干脆不固定
5楼2013-08-12 10:42:18
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