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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】求GROMACS模拟表面活性剂在油水表面的行为的例子
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shengxiang

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】求GROMACS模拟表面活性剂在油水表面的行为的例子 已有3人参与

我刚开始接触GROMACS，现在是用GROMACS模拟表面活性剂，希望好心的师兄师姐能给我一个表面活性剂（任何一种都行）在油水表面的行为的例子，感激不尽，感激不尽。我说的例子就是像GROMACS Introductory Tutorial中的那种有具体的指令的那种，谢谢了啊，拜托了~~~

[ Last edited by lei0736 on 2010-3-10 at 12:11 ]
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1楼 2010-03-09 20:34:14
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aky12

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我现在也在用gromacs做关于磷脂类表面活性剂现在就只会运行例子，会用命令，但是如何建模得到pdb以及该算哪些参数不是很了解，请问有这方面的例子吗？给我一个链接或文献都行
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8楼2014-09-21 21:32:38
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-15 08:34
shengxiang(金币+1): 2010-09-08 16:11:05
shengxiang(金币+1): 2010-09-08 16:11:29
shengxiang(金币+3): 2010-09-08 16:11:33
你这个其实很好办的，你可以去PRODRG这个网站画图，把那个网站运行好的文件，选取一些需要，进行模拟。剩下的，网络上有个TUTORIAL事一步步教你做的。
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好好学习，天天向上。
2楼2010-03-15 00:57:29
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zyj8119

木虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1):谢谢 2010-04-03 09:38
shengxiang(金币+1): 2010-09-08 16:11:09
shengxiang(金币+2): 2010-09-08 16:11:42
我师兄就是做这个的，不过在GROAMCS跑好的文件中，还通过自己编程，读入了吸附质的坐标。。
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好好学习，天天向上。
3楼2010-04-02 22:25:48
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yingli0905

金虫 (小有名气)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-09 11:05
shengxiang(金币+4): 2010-09-08 16:11:21
呵呵　，这个简单的，命令和例子的命令都一样，没区别。就是开始构建的时候不一样，可以直接做gro,top，不用pdb
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4楼2010-04-09 11:00:09
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