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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】amber中的Distance restraint？
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flypig1103

[交流] 【求助】amber中的Distance restraint？ 已有2人参与

大家好：
  我在跑md的时候用到了nmr distance restraint，但是跑出的结果也就是out文件中出现了一下，弱弱的问一下这样正常吗？就是在250step后竟然nmr restraint 为0？
NSTEP =        0   TIME(PS) =       0.000  TEMP(K) =     0.00  PRESS =     0.0
Etot   =   -354165.8192  EKtot   =         0.0000  EPtot      =   -354165.8192
BOND   =       323.2417  ANGLE   =      1484.8635  DIHED      =      2630.5202
1-4 NB =      1853.1531  1-4 EEL =     23829.9363  VDWAALS    =     62903.2679
EELEC  =   -447237.1261  EHBOND  =         0.0000  RESTRAINT  =        46.3241
EAMBER (non-restraint)  =   -354212.1433
Ewald error estimate:   0.1509E-03
------------------------------------------------------------------------------

NMR restraints: Bond =   46.324   Angle =     0.000   Torsion =     0.000
===============================================================================

NSTEP =      250   TIME(PS) =       0.250  TEMP(K) =    16.33  PRESS =     0.0
Etot   =   -300871.8202  EKtot   =      2700.2781  EPtot      =   -303572.0983
BOND   =       374.7332  ANGLE   =      1603.3394  DIHED      =      2663.7262
1-4 NB =      1865.1801  1-4 EEL =     23834.0649  VDWAALS    =     46987.7396
EELEC  =   -380900.8816  EHBOND  =         0.0000  RESTRAINT  =         0.0000
Ewald error estimate:   0.3079E-03
------------------------------------------------------------------------------

NMR restraints: Bond =    0.000   Angle =     0.000   Torsion =     0.000
===============================================================================

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:26 ]
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1楼 2009-10-29 09:53:43
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jinlin

至尊木虫 (著名写手)
小木虫(金币+0.5):恭喜抢沙发，给个红包
yjcmwgk(金币-1,VIP+0):专业版不欢迎灌水 10-29 22:05
先帮忙使劲顶一下再说。
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2楼2009-10-29 20:32:47
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flypig1103

★
lei0736(金币+1,VIP+0):能否说明下问题在哪？ 10-30 11:22
问题已解决
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3楼2009-10-30 11:20:53
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sunmuer

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我也想知道问题是什么，这个帖子楼主很吊人胃口啊。
请解释下，嗯嗯
赞一下(1人) 回复此楼
出清水而不染
4楼2010-03-30 06:52:32
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tingjun

木虫 (小有名气)
就是啊，请解释一下
赞一下 回复此楼
5楼2010-04-20 19:31:37
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zhj10.26

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问amber中的Distance restraint时你是怎么做到距离限制的？那个限制的文件怎么写啊？谢谢了
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-03-20 16:27:39
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zhj10.26

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
nmr distance restraint的那个限制文件是怎么写的啊？
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2011-03-20 16:31:35
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