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女巫的小木屋金虫 (正式写手)
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高斯寻找过渡态，distance matrix出错，请高手帮我看看
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本人采用高斯的QST2方法计算过渡态，反应物和产物都是经过优化的，但是出现31和32 原子的Problem with the distance matrix错误，不知道该如何修改或者换用别的方法。现附上输入文件，31和32 就是倒数第一个和倒数第二个原子。请高手帮我看一下。先谢过了 %chk=C:\g09w\help\ZLJ\QST2\QST2.chk # opt=qst2 b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity 1 0 1 C -2.65654600 0.15107300 -0.11146000 C -1.79767600 -0.95045500 -0.13016100 C -0.41968500 -0.75801000 -0.10648100 C -0.77626500 1.63896300 -0.07409400 C -2.15285300 1.45260200 -0.08990200 H -2.20691200 -1.95457000 -0.18308900 H 0.25200900 -1.60785500 -0.11769300 H -0.38016600 2.65158300 -0.06536000 H -2.83457900 2.29650000 -0.10532000 S -4.43794300 -0.10013700 -0.12593500 O -5.06827500 1.16570200 -0.53585500 O -4.71912900 -1.35572000 -0.83919600 C 0.11959500 0.54607200 -0.07541200 C 1.54400500 0.87540800 -0.05909100 H 1.71480000 1.95097800 -0.08462200 C -4.84764200 -0.36782300 1.61847500 H -4.32027600 -1.25215500 1.98123900 H -4.57251500 0.51870400 2.19311300 H -5.92825100 -0.52699100 1.65834200 C 2.67204200 0.12433600 -0.02130800 C 4.86230800 -0.33810500 0.01884000 C 2.96540300 -1.37315900 0.00948500 O 2.14461300 -2.27671500 0.00737400 N 4.34490300 -1.54224800 0.02357300 N 6.20433100 -0.10837800 0.07519100 H 6.57952100 0.70954800 -0.38443200 H 6.75481800 -0.94964400 -0.04233800 N 3.95810000 0.70196100 0.00191300 C 4.24766600 2.11354500 0.15187300 H 5.28793700 2.24448200 0.45591800 H 4.07140200 2.66766600 -0.77838200 H 3.61817600 2.54177700 0.93969700 1 2 1.5 5 1.5 10 1.0 2 3 1.5 6 1.0 3 7 1.0 13 1.5 4 5 1.5 8 1.0 13 1.5 5 9 1.0 6 7 8 9 10 11 2.0 12 2.0 16 1.0 11 12 13 14 1.0 14 15 1.0 20 2.0 15 16 17 1.0 18 1.0 19 1.0 17 18 19 20 22 1.0 28 1.0 21 24 2.0 28 1.5 25 1.5 22 24 1.0 23 2.0 23 24 25 27 1.0 26 1.0 26 27 28 29 1.0 29 32 1.0 30 1.0 31 1.0 30 31 32 QST2 OF ZLJ 0 1 C 2.51351300 -0.12017800 -0.04702100 C 2.09832600 -1.23832300 -0.77449700 C 0.75635300 -1.60329900 -0.75140700 C 0.26038300 0.26394900 0.70444200 C 1.60201100 0.63345500 0.69510600 H 2.81825500 -1.79831700 -1.36272300 H 0.42510100 -2.47176400 -1.31424600 H -0.44420200 0.82287400 1.31223400 H 1.94514600 1.50143300 1.24903000 S 4.24801500 0.35760200 -0.06357800 O 4.84688900 -0.16070200 -1.30347000 O 4.32237800 1.78656800 0.28098900 C -0.19168300 -0.85059100 -0.02971000 C -1.59139700 -1.28717100 -0.00996600 H -1.76659900 -2.36221700 -0.00886300 C 4.96813000 -0.56999100 1.31518400 H 4.47901600 -0.27235500 2.24470800 H 4.84860900 -1.63946400 1.13163000 H 6.02824300 -0.30519400 1.34183000 C -2.73423100 -0.57629600 0.02839300 C -4.38269600 0.91424300 0.04656500 C -4.10075500 -1.21443800 0.22679900 O -4.29701400 -2.40632600 0.36659600 N -5.05075900 -0.19079600 0.25498000 N -4.97499500 2.13050100 -0.09204100 H -4.46329300 2.95839400 0.17990000 H -5.96076400 2.13429800 0.13576900 N -2.99876900 0.79744500 -0.08154400 C -2.16780800 1.77187100 -0.78353300 H -2.80820400 2.43733400 -1.36833000 H -1.49964400 1.24910700 -1.47120900 H -1.55713800 2.36848100 -0.09731100 1 2 1.5 5 1.5 10 1.0 2 3 1.5 6 1.0 3 7 1.0 13 1.5 4 5 1.5 8 1.0 13 1.5 5 9 1.0 6 7 8 9 10 11 2.0 12 2.0 16 1.0 11 12 13 14 1.0 14 15 1.0 20 2.0 15 16 17 1.0 18 1.0 19 1.0 17 18 19 20 22 1.0 28 1.0 21 24 2.0 25 1.5 28 1.0 22 23 2.0 24 1.0 23 24 25 26 1.0 27 1.0 26 27 28 29 1.0 29 30 1.0 31 1.0 32 1.0 30 31 32 [ Last edited by 女巫的小木屋 on 2012-4-10 at 11:19 ] |
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zhangmt
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| 先不说语法错误，仅从你的目的来看，你想找到这个异构化的过渡态，你是否确认这是一个基元反应？你认为这可能一步完成么？直接旋转那个双键？那需要上百千卡的能垒吧。这似乎是个不可能完成的过程。因此，你用QST2直接找这个过渡态本身就是个错误，那么计算过程出现任何意外其实都是意料之中的事情。建议你大量阅读相关文献，多推测几个机理，按照最可能发生的方案去做。。另外我感觉你的产物结构似乎是没有优化好吧。还有建议任何时候#都要改写成#p，对你只有好处没有坏处。你会获得更详细的信息。再有，只要不是分子力学模拟，请尽量删除geom=connectivity 以及随后的所有链接关系表。。。。 |
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女巫的小木屋
2楼2012-04-10 11:31:47
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