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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 寻找过渡态一直出错，焦头烂额中
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janetin

金虫 (正式写手)

[求助] 寻找过渡态一直出错，焦头烂额中

用高斯寻找甘油反应成为聚甘油的过渡态一直出错，求解
%chk=guodu.chk
%mem=1000MB
%rwf=x1,200MB,x2,200MB,x3,200MB,x4,200MB,x5,200MB,x6,200MB,x7,200MB,x8,-1
%nproc=1
#p hf/6-31g* opt(qst2,noeigen,calcfc) geom=check guess=read scf(maxcyc=100)

guodu

0 1
C
O                  1              B1
C                  1              B2    2              A1
O                  3              B3    1              A2    2              D1
C                  3              B4    1              A3    2              D2
O                  5              B5    3              A4    1              D3
H                  1              B6    2              A5    3              D4
H                  1              B7    2              A6    3              D5
H                  2              B8    1              A7    3              D6
H                  3              B9    1              A8    2              D7
H                  4             B10    3              A9    1              D8
H                  5             B11    3             A10    1              D9
H                  5             B12    3             A11    1             D10
H                  6             B13    5             A12    3             D11

   B1             1.41339697
   B2             1.53368152
   B3             1.41860283
   B4             1.53295858
   B5             1.40987163
   B6             1.12243441
   B7             1.12077384
   B8             0.96523728
   B9             1.12735354
   B10            0.96445529
   B11            1.12293099
   B12            1.12152263
   B13            0.96782385
   A1           110.77419758
   A2           105.94138018
   A3           111.70785322
   A4           111.22701325
   A5           104.97579960
   A6           110.97737301
   A7           107.56840343
   A8           109.43271110
   A9           106.72953047
   A10          110.23292878
   A11          110.05975708
   A12          107.38999523
   D1          -175.17855856
   D2            63.96734492
   D3           -72.31690466
   D4           119.60286597
   D5          -122.12327411
   D6            64.32819575
   D7           -56.80522392
   D8          -177.53995163
   D9           171.77369480
   D10           51.08959951
   D11           65.49331620

guodu

0 1
C
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
O                  3              B3    2              A2    1              D1
C                  4              B4    3              A3    2              D2
C                  5              B5    4              A4    3              D3
C                  6              B6    5              A5    4              D4
O                  2              B7    1              A6    3              D5
O                  1              B8    2              A7    8              D6
O                  6              B9    5              A8    4              D7
O                  7             B10    6              A9    5              D8
H                  1             B11    9             A10    2              D9
H                  1             B12    9             A11    2             D10
H                  2             B13    1             A12    9             D11
H                  3             B14    2             A13    1             D12
H                  3             B15    2             A14    1             D13
H                  5             B16    4             A15    3             D14
H                  5             B17    4             A16    3             D15
H                  6             B18    5             A17    4             D16
H                  7             B19    6             A18    5             D17
H                  7             B20    6             A19    5             D18
H                  8             B21    2             A20    1             D19
H                  9             B22    1             A21    2             D20
H                 10             B23    6             A22    5             D21
H                 11             B24    7             A23    6             D22

   B1             1.53158121
   B2             1.52905363
   B3             1.42558374
   B4             1.42608169
   B5             1.52997026
   B6             1.53330101
   B7             1.42020456
   B8             1.41055096
   B9             1.41831837
   B10            1.41920753
   B11            1.12289982
   B12            1.12102721
   B13            1.12530085
   B14            1.12040752
   B15            1.12186140
   B16            1.12253909
   B17            1.12152530
   B18            1.12586012
   B19            1.12111150
   B20            1.12196346
   B21            0.96673316
   B22            0.96656298
   B23            0.96667316
   B24            0.96333224
   A1           110.24817235
   A2           105.70346141
   A3           112.50552187
   A4           106.27509900
   A5           110.06783223
   A6           106.22425219
   A7           111.16236795
   A8           106.71287405
   A9           105.92428303
   A10          110.12954217
   A11          105.28931355
   A12          110.33640696
   A13          110.83083602
   A14          110.47921472
   A15          109.04425428
   A16          110.31736994
   A17          110.43248661
   A18          110.48800927
   A19          110.26520028
   A20          106.75180360
   A21          107.09267666
   A22          106.48133259
   A23          106.89545180
   D1          -177.60246284
   D2          -169.02967540
   D3           172.66723643
   D4           146.20969385
   D5           120.26905989
   D6           -59.97067467
   D7           -94.17884299
   D8           177.59415378
   D9          -121.98841417
   D10          119.18890775
   D11           58.18652153
   D12          -59.00011753
   D13           63.05852902
   D14          -67.94500111
   D15           52.91406579
   D16           24.91280653
   D17          -63.27819500
   D18           58.28674470
   D19         -174.50339471
   D20           54.46756665
   D21         -177.27928364
   D22         -172.30708160

错误：
Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in /export/g03dir/g03/l202.exe at Thu Nov  3 18:51:04 2011.

两个分子都进行过优化为何还会出现矩阵距离错误？求高手指点不胜感激。
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1楼 2011-11-03 18:55:07
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wushidi

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
janetin(金币+5): 我找了很多资料都是这么写的，换了好几种方式都不行 2011-11-04 19:53:10
小红豆(金币+2): 应助奖励 2011-11-05 17:49:16
额，你的反应物是不是应该放进去两个甘油分子，貌似你的只放了一个，查查qst2的用法，我没用过，但应该是这个的问题
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-11-03 20:23:45
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
janetin(金币+5): 原本只有opt(qst2,noeigen,calcfc)，一直都是运行错误，查了查资料加上之后还是运行出错。求高手指点啊。 2011-11-04 19:56:43
小红豆(金币+2): 应助奖励 2011-11-05 17:49:27
geom=check guess=read
这两句的意思，楼主你确定你明白了？
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-11-04 11:04:34
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janetin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by fatpig8832 at 2011-11-04 11:04:34:
geom=check guess=read
这两句的意思，楼主你确定你明白了？

不管是用hf还是b3lyp，或是只有opt(qst2,noeigen,calcfc)，都是矩阵出错，一直找不出原因。
已经困扰我两天了，好郁闷。
求解，求解啊
赞一下 回复此楼
4楼2011-11-04 19:59:00
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janetin

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wushidi at 2011-11-03 20:23:45:
额，你的反应物是不是应该放进去两个甘油分子，貌似你的只放了一个，查查qst2的用法，我没用过，但应该是这个的问题

恩，我试一下
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5楼2011-11-04 20:00:39
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小红豆(金币+2): 应助奖励 2011-11-05 17:49:41
引用回帖:
4楼: Originally posted by janetin at 2011-11-04 19:59:00:
不管是用hf还是b3lyp，或是只有opt(qst2,noeigen,calcfc)，都是矩阵出错，一直找不出原因。
已经困扰我两天了，好郁闷。
求解，求解啊

仔细看了下输入文件，发现楼主你根本是在恶搞...

用qst2方法时，两个写进去的分子必须是含有相同的化学式（即多少个C，多少个O，多少个H，两个必须是一样的）；且分子顺序必须对应，你第一个分子中第一个原子是C，第二个原子是O，则第二个分子中必须第一个原子是相应的那个C，第二个原子是相应的那个O。

楼主你的两个分子不但原子顺序不一样，而且根本就是不同的两个分子...你让程序如何不报错呢...

还是先看看说明书，建议直接用ts方法来算...
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6楼2011-11-05 10:18:04
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fatpig8832 at 2011-11-05 10:18:04:
仔细看了下输入文件，发现楼主你根本是在恶搞...

用qst2方法时，两个写进去的分子必须是含有相同的化学式（即多少个C，多少个O，多少个H，两个必须是一样的）；且分子顺序必须对应，你第一个分子中第一个原子 ...

“分子顺序”应为“分子中的原子顺序”
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7楼2011-11-05 10:19:36
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dreamyeye

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fatpig8832 at 2011-11-05 10:18:04:
仔细看了下输入文件，发现楼主你根本是在恶搞...

用qst2方法时，两个写进去的分子必须是含有相同的化学式（即多少个C，多少个O，多少个H，两个必须是一样的）；且分子顺序必须对应，你第一个分子中第一个原子 ...

的确。。。
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8楼2011-11-05 10:30:25
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ryxiao

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
9楼2011-11-05 12:38:02
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ryxiao

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
10楼2011-11-05 12:40:34
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