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xuxb_4156

新虫 (初入文坛)

[交流] 求助!!关于平末端连接问题

最近在做载体构建,有一个5k左右的片段要连接到一个12k左右的载体骨架上,两端都是平末端,始终连不上,不知道连接体系需要怎样的优化,连接酶要多,但是一个10ul的体系中,到底要加多少酶???以及目的片段和载体各是多少才合适????没做过,身边的人也没有经验,做的非常辛苦啊~~~
请各位高手指点指点啊!!!谢谢
ps: 载体已经去磷酸化

[ Last edited by xuxb_4156 on 2009-9-18 at 21:17 ]
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jessica533

新虫 (小有名气)

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amisking(金币+2,VIP+0): 9-18 22:33
平末端连接可以加1ul酶,另外建议通过在凝胶成像系统下对载体和插入片段定量,再根据载体和插入片段的分子量,计算出载体与插入片段的摩尔比为3:1时的体积比,载体和插入片段共8ul。
把忧愁微掉,将快乐积起。
2楼2009-09-18 19:15:27
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charlies929

至尊木虫 (正式写手)

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amisking(金币+1,VIP+0): 9-18 22:33
我常常用Fermentas的酶做链接的,1ulT4, 1ul Buffer, 1ul PEG4000,剩下的两个片段摩尔比1:1,16度过夜转化Top10,应该没有问题的。
3楼2009-09-18 20:21:27
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wangxiaoli8216

木虫 (小有名气)

载体去磷酸化
4楼2009-09-18 21:13:46
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xuxb_4156

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by wangxiaoli8216 at 2009-9-18 21:13:
载体去磷酸化

已经去磷酸化了,连了几次都只有几个斑,而且不是重组子
5楼2009-09-18 22:23:37
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)

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amisking(金币+1,VIP+0): 9-18 22:34
我觉得平端连的话片段和酶的量一定要加大,正常粘性末端连接的话,片段与质粒的量之比为2:1-3:1,平端的话要10:1。10ul体系,1~1.5ul酶就够了(Fermentas)。转化时一定要做阴性对照!
6楼2009-09-18 22:31:46
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

推荐4度过夜连接,比例1:5,酶还是照样加或者略多那么一点点即可
7楼2009-09-19 08:58:48
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寒山拾得

木虫 (小有名气)


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普通引物合成5‘是羟基,你要加上磷酸合成引物,载体去磷酸化,才能连上,同时防止自连。引物和载体同时去磷酸化是连不上的。你可以载体不去磷酸化试试,可能链接效率低点。不过可以PCR菌落筛选。
8楼2009-09-19 10:51:24
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gastrodia

金虫 (正式写手)


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连接时要计算摩尔比,关键在于插入片段和载体的片段大小,比如说插入为0.5kb,20ng/ul,载体3.5kb,50ng/ul,
在都取1ul的情况下,插入和载体的摩尔比就是:1×3.5×20/(1×0.5×50)=2.8:1,通常使用的摩尔比为3:1(插入:载体),2.8:1基本也就差不多了,并非一定要严格3:1,比如10ul体系粘性末端连接,1ul 3.5kb载体,1ul0.5kb插入,1ulT4 ligase, 1ul10×buffer,6ul H2O, 若是平端连接,酶量加倍,加1ul50%PEG4000,水适量减少即可
9楼2009-09-19 12:17:34
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beisimai895

木虫 (小有名气)


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载体与目的片段摩尔比为1:10,至于酶量,按酶的说明书操作就行,不需要太多,载体去磷后己没有羟基,你要保证你的目的片段有羟基才能连接,否则还要进行目的片段的磷酸化,不知道连接不成功是不是这个原因。
10楼2009-09-19 16:21:27
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