应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 干扰/敲除 » 植物基因敲低表达，用CRISPR还是用RNAi？
111/2返回列表12下一页
查看: 3131  |  回复: 10
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hellohuo

金虫 (小有名气)

[求助] 植物基因敲低表达，用CRISPR还是用RNAi？ 已有2人参与

最近想要做植物内某个基因的沉默，一直纠结于用Crispr，还是用传统的RNAi技术，我的目的想要看该基因敲低后的相关生理状态，并不一定非要敲除，担心彻底敲除某个基因会引起其他生理反应，而不是我预期的生理现象。因此，想求教各位大神，这两个技术手段的优缺点，针对我的实验目的，有没有大神可以给点建议？谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2020-11-26 14:58:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

草溪河

铁虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hellohuo: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢您的回答，明白了很多！ 2021-02-20 09:38:45
基于你的描述和研究目的，建议还是做RNAi吧。通常来说，RNAi是降低基因的表达量，即knock-down，但不会完全使基因功能丧失（多数情况下），而CRISPR介导的基因敲除（knock-out），顾名思义，通过在基因编码区引入碱基缺失或插入，造成移码突变或提前终止翻译等，可以实现将基因功能完成丧失。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

hellohuo
2楼2020-11-28 13:31:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

更深的蓝888

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

CRISPR！现在的杂志影响因子>5的哪个还要RNAi，20年CRISPR入选了诺贝尔奖，更凸显优势，若是选择RNAi审稿人80%的几率会让你用成熟的CRISPR技术做敲除，建议两手准备
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

hellohuo
天若有情天亦老
7楼2020-12-09 20:01:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

hellohuo

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 草溪河 at 2020-11-28 13:31:27
基于你的描述和研究目的，建议还是做RNAi吧。通常来说，RNAi是降低基因的表达量，即knock-down，但不会完全使基因功能丧失（多数情况下），而CRISPR介导的基因敲除（knock-out），顾名思义，通过在基因编码区引入碱 ...

还想请教一下，基于目前所有关于敲低与敲除的实验，感觉用CRISPR的比较多，而RNAi逐渐变少了，是因为RNAi的技术存在某种问题？还是说大家都朝着新技术CRISPR发展？我觉得彻底敲除可能会造成生理功能的其他连锁变化。因为有些基因对于发育还是挺重要的，直接敲除，可能除了它本身的功能，也连带会出现别的生理变化，这种并不能说明连带的功能就是这个基因本身的功能。我觉得别人肯定也有考虑到这个问题，但是为什么大家还选择CRISPR呢？因为我对这个技术不是很了解，所以有哪些原因是我没想到的，求指教！谢谢！！！
赞一下 回复此楼
3楼2020-12-02 09:14:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

草溪河

铁虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hellohuo at 2020-12-02 09:14:29
还想请教一下，基于目前所有关于敲低与敲除的实验，感觉用CRISPR的比较多，而RNAi逐渐变少了，是因为RNAi的技术存在某种问题？还是说大家都朝着新技术CRISPR发展？我觉得彻底敲除可能会造成生理功能的其他连锁变化 ...

大家还选择CRISPR进行基因功能研究，，最主要的还是该技术可以实现基因敲除，更确定地是突变体材料的定制，理论上可以实现任意位点的核苷酸序列的改变（编辑），比如特定的编码区、结构域、顺势作用元件、内含子等。其次，CRISPR技术获得材料最后是可以不含外源T-DNA的，意味着在生产上应用的潜力加大，同时更重要的是可以在此基础上再次进行其他基因的敲除，实现多基因敲除（当合理设计携带多个sgRNA也能轻易地进行多基因敲除）。由于CRIPSR的高特异性，对于相似度极高的同源基因也能很好地实现靶基因的敲除。
选择CRISPR还是RNAi，关键取决于各自的试验内容及目的吧，毕竟这俩只是单纯的技术而已，各有有缺，合理使用即可。
你之前有相关的实验数据表明该基因敲除对发育有严重影响吗？
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

hellohuo hellohuo
4楼2020-12-02 12:01:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hellohuo

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 草溪河 at 2020-12-02 12:01:36
大家还选择CRISPR进行基因功能研究，，最主要的还是该技术可以实现基因敲除，更确定地是突变体材料的定制，理论上可以实现任意位点的核苷酸序列的改变（编辑），比如特定的编码区、结构域、顺势作用元件、内含子等 ...

还没开始做那么深层研究，只是查了一下相关文献，是开花相关的基因，因为这个基因主要功能负责开花，如果敲除了，我担心的是除了能够看到后续开花的功能被影响了，也可能会因为开花缺失导致植物碳流分配的问题，这样牵一发动全身。因为我只是想看开花过程中，该基因在负责的那部分功能，因为开花这个生理过程是被多基因调控的，而不是开花的缺失对植物的影响。所以我一直在纠结，主要想敲低该基因功能，但是又不影响植物生存，又能看到该基因对开花的过程的影响。
因为对这两个技术只是听闻过，也查过资料，我不清楚为什么大家都抛弃了RNAi，而选择了CRISPR，是否RNAi存在某种技术缺点，而被停用，还是CRISPR有某些更优势的能力，因为有一些技术层面的东西没有写在文章里，所以想请教请教专业的人，帮忙解惑。
赞一下 回复此楼
5楼2020-12-08 11:24:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hellohuo

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 草溪河 at 2020-12-02 12:01:36
大家还选择CRISPR进行基因功能研究，，最主要的还是该技术可以实现基因敲除，更确定地是突变体材料的定制，理论上可以实现任意位点的核苷酸序列的改变（编辑），比如特定的编码区、结构域、顺势作用元件、内含子等 ...

还没开始做那么深层研究，只是查了一下相关文献，是开花相关的基因，因为这个基因主要功能负责开花，如果敲除了，我担心的是除了能够看到后续开花的功能被影响了，也可能会因为开花缺失导致植物碳流分配的问题，这样牵一发动全身。因为我只是想看开花过程中，该基因在负责的那部分功能，因为开花这个生理过程是被多基因调控的，而不是开花的缺失对植物的影响。所以我一直在纠结，主要想敲低该基因功能，但是又不影响植物生存，又能看到该基因对开花的过程的影响。
因为对这两个技术只是听闻过，也查过资料，我不清楚为什么大家都抛弃了RNAi，而选择了CRISPR，是否RNAi存在某种技术缺点，而被停用，还是CRISPR有某些更优势的能力，因为有一些技术层面的东西没有写在文章里，所以想请教请教专业的人，帮忙解惑。
赞一下 回复此楼
6楼2020-12-08 11:24:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hellohuo

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 更深的蓝888 at 2020-12-09 20:01:01
CRISPR！现在的杂志影响因子>5的哪个还要RNAi，20年CRISPR入选了诺贝尔奖，更凸显优势，若是选择RNAi审稿人80%的几率会让你用成熟的CRISPR技术做敲除，建议两手准备

还有想问问，CRISPR对于多倍体的植物来说，如果想要拿到纯合的突变体材料，是不是在转化完之后，第一代转基因株系还得进行回交或者自交？一到两代后，才能拿到纯合体，看表型？CRISPR小白，纯好奇问，谢谢！
赞一下 回复此楼
8楼2020-12-12 09:21:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

更深的蓝888

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hellohuo: 金币+15, ★★★很有帮助, 感谢您的回答，明白了很多！ 2021-02-20 09:36:55
引用回帖:
8楼: Originally posted by hellohuo at 2020-12-12 09:21:04
还有想问问，CRISPR对于多倍体的植物来说，如果想要拿到纯合的突变体材料，是不是在转化完之后，第一代转基因株系还得进行回交或者自交？一到两代后，才能拿到纯合体，看表型？CRISPR小白，纯好奇问，谢谢！...

1：研究对象是拟南芥？是单子叶植物还是双子叶植物？载体不同侵染物种不同，但无论是什么植物基本上CRISPR都需要构建双元载体，U6启动子的中间载体，及连接Cas9的表达载体（pYAO-AtU6-Cas9侵染拟南芥，而pCA1300-OsU6-Cas9适合水稻）
2：理论上讲Cas9会切割基因组DNA双链，再设计sgRNA靶点NGG，的N位点，DNA利用修复产生错配，造成替换，串码，提前终止，再侵染完成后的T1代就能拿到纯合株系！注意，此时的纯合株系里含有Cas9融合蛋白，需于野生型杂交将Cas9分离筛掉
3: 若是你的基因功能在植物生长发育阶段起到了重要功能，若是缺失了，肯定会有表型的（包括杂合）
赞一下 回复此楼
天若有情天亦老
9楼2020-12-12 13:47:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zeping_bio

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
10楼2020-12-18 14:16:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hellohuo 的主题更新
111/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭