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hellohuo

金虫 (小有名气)

[求助] 植物基因敲低表达,用CRISPR还是用RNAi?已有2人参与

最近想要做植物内某个基因的沉默,一直纠结于用Crispr,还是用传统的RNAi技术,我的目的想要看该基因敲低后的相关生理状态,并不一定非要敲除,担心彻底敲除某个基因会引起其他生理反应,而不是我预期的生理现象。因此,想求教各位大神,这两个技术手段的优缺点,针对我的实验目的,有没有大神可以给点建议?谢谢!
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hellohuo

金虫 (小有名气)

送红花一朵
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2楼: Originally posted by 草溪河 at 2020-11-28 13:31:27
基于你的描述和研究目的,建议还是做RNAi吧。通常来说,RNAi是降低基因的表达量,即knock-down,但不会完全使基因功能丧失(多数情况下),而CRISPR介导的基因敲除(knock-out),顾名思义,通过在基因编码区引入碱 ...

还想请教一下,基于目前所有关于敲低与敲除的实验,感觉用CRISPR的比较多,而RNAi逐渐变少了,是因为RNAi的技术存在某种问题?还是说大家都朝着新技术CRISPR发展?我觉得彻底敲除可能会造成生理功能的其他连锁变化。因为有些基因对于发育还是挺重要的,直接敲除,可能除了它本身的功能,也连带会出现别的生理变化,这种并不能说明连带的功能就是这个基因本身的功能。我觉得别人肯定也有考虑到这个问题,但是为什么大家还选择CRISPR呢?因为我对这个技术不是很了解,所以有哪些原因是我没想到的,求指教!谢谢!!!
3楼2020-12-02 09:14:29
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hellohuo

金虫 (小有名气)

送红花一朵
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4楼: Originally posted by 草溪河 at 2020-12-02 12:01:36
大家还选择CRISPR进行基因功能研究,,最主要的还是该技术可以实现基因敲除,更确定地是突变体材料的定制,理论上可以实现任意位点的核苷酸序列的改变(编辑),比如特定的编码区、结构域、顺势作用元件、内含子等 ...

还没开始做那么深层研究,只是查了一下相关文献,是开花相关的基因,因为这个基因主要功能负责开花,如果敲除了,我担心的是除了能够看到后续开花的功能被影响了,也可能会因为开花缺失导致植物碳流分配的问题,这样牵一发动全身。因为我只是想看开花过程中,该基因在负责的那部分功能,因为开花这个生理过程是被多基因调控的,而不是开花的缺失对植物的影响。所以我一直在纠结,主要想敲低该基因功能,但是又不影响植物生存,又能看到该基因对开花的过程的影响。
因为对这两个技术只是听闻过,也查过资料,我不清楚为什么大家都抛弃了RNAi,而选择了CRISPR,是否RNAi存在某种技术缺点,而被停用,还是CRISPR有某些更优势的能力,因为有一些技术层面的东西没有写在文章里,所以想请教请教专业的人,帮忙解惑。
5楼2020-12-08 11:24:14
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hellohuo

金虫 (小有名气)

送红花一朵
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4楼: Originally posted by 草溪河 at 2020-12-02 12:01:36
大家还选择CRISPR进行基因功能研究,,最主要的还是该技术可以实现基因敲除,更确定地是突变体材料的定制,理论上可以实现任意位点的核苷酸序列的改变(编辑),比如特定的编码区、结构域、顺势作用元件、内含子等 ...

还没开始做那么深层研究,只是查了一下相关文献,是开花相关的基因,因为这个基因主要功能负责开花,如果敲除了,我担心的是除了能够看到后续开花的功能被影响了,也可能会因为开花缺失导致植物碳流分配的问题,这样牵一发动全身。因为我只是想看开花过程中,该基因在负责的那部分功能,因为开花这个生理过程是被多基因调控的,而不是开花的缺失对植物的影响。所以我一直在纠结,主要想敲低该基因功能,但是又不影响植物生存,又能看到该基因对开花的过程的影响。
因为对这两个技术只是听闻过,也查过资料,我不清楚为什么大家都抛弃了RNAi,而选择了CRISPR,是否RNAi存在某种技术缺点,而被停用,还是CRISPR有某些更优势的能力,因为有一些技术层面的东西没有写在文章里,所以想请教请教专业的人,帮忙解惑。
6楼2020-12-08 11:24:30
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hellohuo

金虫 (小有名气)

送红花一朵
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7楼: Originally posted by 更深的蓝888 at 2020-12-09 20:01:01
CRISPR!现在的杂志影响因子>5的哪个还要RNAi,20年CRISPR入选了诺贝尔奖,更凸显优势,若是选择RNAi审稿人80%的几率会让你用成熟的CRISPR技术做敲除,建议两手准备

还有想问问,CRISPR对于多倍体的植物来说,如果想要拿到纯合的突变体材料,是不是在转化完之后,第一代转基因株系还得进行回交或者自交?一到两代后,才能拿到纯合体,看表型?CRISPR小白,纯好奇问,谢谢!
8楼2020-12-12 09:21:04
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