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hellohuo

金虫 (小有名气)

[求助] 植物基因敲低表达,用CRISPR还是用RNAi? 已有2人参与

最近想要做植物内某个基因的沉默,一直纠结于用Crispr,还是用传统的RNAi技术,我的目的想要看该基因敲低后的相关生理状态,并不一定非要敲除,担心彻底敲除某个基因会引起其他生理反应,而不是我预期的生理现象。因此,想求教各位大神,这两个技术手段的优缺点,针对我的实验目的,有没有大神可以给点建议?谢谢!
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hellohuo

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 草溪河 at 2020-12-02 12:01:36
大家还选择CRISPR进行基因功能研究,,最主要的还是该技术可以实现基因敲除,更确定地是突变体材料的定制,理论上可以实现任意位点的核苷酸序列的改变(编辑),比如特定的编码区、结构域、顺势作用元件、内含子等 ...

还没开始做那么深层研究,只是查了一下相关文献,是开花相关的基因,因为这个基因主要功能负责开花,如果敲除了,我担心的是除了能够看到后续开花的功能被影响了,也可能会因为开花缺失导致植物碳流分配的问题,这样牵一发动全身。因为我只是想看开花过程中,该基因在负责的那部分功能,因为开花这个生理过程是被多基因调控的,而不是开花的缺失对植物的影响。所以我一直在纠结,主要想敲低该基因功能,但是又不影响植物生存,又能看到该基因对开花的过程的影响。
因为对这两个技术只是听闻过,也查过资料,我不清楚为什么大家都抛弃了RNAi,而选择了CRISPR,是否RNAi存在某种技术缺点,而被停用,还是CRISPR有某些更优势的能力,因为有一些技术层面的东西没有写在文章里,所以想请教请教专业的人,帮忙解惑。
5楼2020-12-08 11:24:14
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草溪河

铁虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
hellohuo: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢您的回答,明白了很多! 2021-02-20 09:38:45
基于你的描述和研究目的,建议还是做RNAi吧。通常来说,RNAi是降低基因的表达量,即knock-down,但不会完全使基因功能丧失(多数情况下),而CRISPR介导的基因敲除(knock-out),顾名思义,通过在基因编码区引入碱基缺失或插入,造成移码突变或提前终止翻译等,可以实现将基因功能完成丧失。

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2楼2020-11-28 13:31:27
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hellohuo

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 草溪河 at 2020-11-28 13:31:27
基于你的描述和研究目的,建议还是做RNAi吧。通常来说,RNAi是降低基因的表达量,即knock-down,但不会完全使基因功能丧失(多数情况下),而CRISPR介导的基因敲除(knock-out),顾名思义,通过在基因编码区引入碱 ...

还想请教一下,基于目前所有关于敲低与敲除的实验,感觉用CRISPR的比较多,而RNAi逐渐变少了,是因为RNAi的技术存在某种问题?还是说大家都朝着新技术CRISPR发展?我觉得彻底敲除可能会造成生理功能的其他连锁变化。因为有些基因对于发育还是挺重要的,直接敲除,可能除了它本身的功能,也连带会出现别的生理变化,这种并不能说明连带的功能就是这个基因本身的功能。我觉得别人肯定也有考虑到这个问题,但是为什么大家还选择CRISPR呢?因为我对这个技术不是很了解,所以有哪些原因是我没想到的,求指教!谢谢!!!
3楼2020-12-02 09:14:29
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草溪河

铁虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hellohuo at 2020-12-02 09:14:29
还想请教一下,基于目前所有关于敲低与敲除的实验,感觉用CRISPR的比较多,而RNAi逐渐变少了,是因为RNAi的技术存在某种问题?还是说大家都朝着新技术CRISPR发展?我觉得彻底敲除可能会造成生理功能的其他连锁变化 ...

大家还选择CRISPR进行基因功能研究,,最主要的还是该技术可以实现基因敲除,更确定地是突变体材料的定制,理论上可以实现任意位点的核苷酸序列的改变(编辑),比如特定的编码区、结构域、顺势作用元件、内含子等。其次,CRISPR技术获得材料最后是可以不含外源T-DNA的,意味着在生产上应用的潜力加大,同时更重要的是可以在此基础上再次进行其他基因的敲除,实现多基因敲除(当合理设计携带多个sgRNA也能轻易地进行多基因敲除)。由于CRIPSR的高特异性,对于相似度极高的同源基因也能很好地实现靶基因的敲除。
选择CRISPR还是RNAi,关键取决于各自的试验内容及目的吧,毕竟这俩只是单纯的技术而已,各有有缺,合理使用即可。
你之前有相关的实验数据表明该基因敲除对发育有严重影响吗?

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4楼2020-12-02 12:01:36
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