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hellohuo

金虫 (小有名气)

[求助] 植物基因敲低表达,用CRISPR还是用RNAi? 已有2人参与

最近想要做植物内某个基因的沉默,一直纠结于用Crispr,还是用传统的RNAi技术,我的目的想要看该基因敲低后的相关生理状态,并不一定非要敲除,担心彻底敲除某个基因会引起其他生理反应,而不是我预期的生理现象。因此,想求教各位大神,这两个技术手段的优缺点,针对我的实验目的,有没有大神可以给点建议?谢谢!
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更深的蓝888

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
hellohuo: 金币+15, ★★★很有帮助, 感谢您的回答,明白了很多! 2021-02-20 09:36:55
引用回帖:
8楼: Originally posted by hellohuo at 2020-12-12 09:21:04
还有想问问,CRISPR对于多倍体的植物来说,如果想要拿到纯合的突变体材料,是不是在转化完之后,第一代转基因株系还得进行回交或者自交?一到两代后,才能拿到纯合体,看表型?CRISPR小白,纯好奇问,谢谢!...

1:研究对象是拟南芥?是单子叶植物还是双子叶植物?载体不同侵染物种不同,但无论是什么植物基本上CRISPR都需要构建双元载体,U6启动子的中间载体,及连接Cas9的表达载体(pYAO-AtU6-Cas9侵染拟南芥,而pCA1300-OsU6-Cas9适合水稻)
2:理论上讲Cas9会切割基因组DNA双链,再设计sgRNA靶点NGG,的N位点,DNA利用修复产生错配,造成替换,串码,提前终止,再侵染完成后的T1代就能拿到纯合株系!注意,此时的纯合株系里含有Cas9融合蛋白,需于野生型杂交将Cas9分离筛掉
3: 若是你的基因功能在植物生长发育阶段起到了重要功能,若是缺失了,肯定会有表型的(包括杂合)
天若有情天亦老
9楼2020-12-12 13:47:51
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草溪河

铁虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
hellohuo: 金币+5, ★★★很有帮助, 感谢您的回答,明白了很多! 2021-02-20 09:38:45
基于你的描述和研究目的,建议还是做RNAi吧。通常来说,RNAi是降低基因的表达量,即knock-down,但不会完全使基因功能丧失(多数情况下),而CRISPR介导的基因敲除(knock-out),顾名思义,通过在基因编码区引入碱基缺失或插入,造成移码突变或提前终止翻译等,可以实现将基因功能完成丧失。

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2楼2020-11-28 13:31:27
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hellohuo

金虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 草溪河 at 2020-11-28 13:31:27
基于你的描述和研究目的,建议还是做RNAi吧。通常来说,RNAi是降低基因的表达量,即knock-down,但不会完全使基因功能丧失(多数情况下),而CRISPR介导的基因敲除(knock-out),顾名思义,通过在基因编码区引入碱 ...

还想请教一下,基于目前所有关于敲低与敲除的实验,感觉用CRISPR的比较多,而RNAi逐渐变少了,是因为RNAi的技术存在某种问题?还是说大家都朝着新技术CRISPR发展?我觉得彻底敲除可能会造成生理功能的其他连锁变化。因为有些基因对于发育还是挺重要的,直接敲除,可能除了它本身的功能,也连带会出现别的生理变化,这种并不能说明连带的功能就是这个基因本身的功能。我觉得别人肯定也有考虑到这个问题,但是为什么大家还选择CRISPR呢?因为我对这个技术不是很了解,所以有哪些原因是我没想到的,求指教!谢谢!!!
3楼2020-12-02 09:14:29
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草溪河

铁虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by hellohuo at 2020-12-02 09:14:29
还想请教一下,基于目前所有关于敲低与敲除的实验,感觉用CRISPR的比较多,而RNAi逐渐变少了,是因为RNAi的技术存在某种问题?还是说大家都朝着新技术CRISPR发展?我觉得彻底敲除可能会造成生理功能的其他连锁变化 ...

大家还选择CRISPR进行基因功能研究,,最主要的还是该技术可以实现基因敲除,更确定地是突变体材料的定制,理论上可以实现任意位点的核苷酸序列的改变(编辑),比如特定的编码区、结构域、顺势作用元件、内含子等。其次,CRISPR技术获得材料最后是可以不含外源T-DNA的,意味着在生产上应用的潜力加大,同时更重要的是可以在此基础上再次进行其他基因的敲除,实现多基因敲除(当合理设计携带多个sgRNA也能轻易地进行多基因敲除)。由于CRIPSR的高特异性,对于相似度极高的同源基因也能很好地实现靶基因的敲除。
选择CRISPR还是RNAi,关键取决于各自的试验内容及目的吧,毕竟这俩只是单纯的技术而已,各有有缺,合理使用即可。
你之前有相关的实验数据表明该基因敲除对发育有严重影响吗?

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4楼2020-12-02 12:01:36
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