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risic

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助PCR以前能出条带现在却没有了 已有1人参与

大四作为毕设,时间没多少了,pcr又出问题,求各位大神帮忙了!

1.一开始是用老师提的基因组为模板,做了很多次都有条带;

2.后来老师提的基因组快用完了,我就自己提了基因组(模板浓度稀释到和之前一样),做50ul*5的大体系,大孔全部上样,条带很浅,曝光才能看到

3.为了优化,我又做了25ul的小体系,模板浓度加倍、减半,又设置了4个梯度退火温度,一共六管样品,10ul上样全无条带!只有很亮的引物二聚体。

4.今天又试了一次,把之前老师提的基因组剩下的一点点拿来做阳性对照,结果也没有条带

自己想法:
1.所以反应体系和反应温度都没有改变,唯一记得有不同的是3和4用的taq酶是没有加甘油的,我有查到甘油会影响特异性,不过现在不是杂带的问题而是不出条带的问题。
2.如果说是操作中的偶然失误的话,我不至于做了那么多管一管都没出条带吧
3.还有大体系有条带怎么小体系就没有了?
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lusandanooo

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
risic: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢换了酶能出条带了 2017-04-14 22:35:37
跟甘油关系不大,公司有的预混buffer里都自带甘油,一样能P出来。你确定你的程序没问题?我有一次好久没做PCR把程序退火设成3min了,啥都没P出来。尝试把退火温度降低试一下,或者换个酶,不知道片段多大,如果片段长,TAKARA的primer star挺好用的,或者换个其他热启动酶试试。
毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
6楼2017-04-14 14:59:02
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yesucao

木虫 (正式写手)

引物存放多久了,重新干粉溶解一管再试试

发自小木虫Android客户端
4楼2017-04-13 23:08:43
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小飞侠侠侠

新虫 (初入文坛)

你的引物是不是没有设计好啊?

发自小木虫Android客户端
2楼2017-04-13 18:13:11
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lusandanooo

银虫 (小有名气)

引物负20放几个月都没事的
毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
7楼2017-04-14 15:01:01
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lusandanooo

银虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by risic at 2017-04-14 15:18:42
程序应该没问题,这几天我都只做这个没变过。最诡异的就是我12号那天上午做大体系有条带,下午小体系就没条带了。谢谢我试试换个酶...

换体系P不出来挺正常的,有时候多加点水都P不出来。
毕了业真开心嘻嘻嘻嘻嘻
10楼2017-04-14 15:50:33
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普通回帖

risic

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小飞侠侠侠 at 2017-04-13 18:13:11
你的引物是不是没有设计好啊?

引物确实比较一般,因为模板序列对称互补的不好设计,不过之前也能正常p出来呀
3楼2017-04-13 19:04:23
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risic

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yesucao at 2017-04-13 23:08:43
引物存放多久了,重新干粉溶解一管再试试

引物存放是快一个月了,不过1是9号做了一次,大体系有亮条带;2和3都是是昨天做的,上午做的大体系有暗条带,下午完全做的小体系就没条带了。时间间隔那么短回收引物的问题么?
干粉的话得重新定,过几天在试试看
5楼2017-04-13 23:38:26
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risic

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by lusandanooo at 2017-04-14 14:59:02
跟甘油关系不大,公司有的预混buffer里都自带甘油,一样能P出来。你确定你的程序没问题?我有一次好久没做PCR把程序退火设成3min了,啥都没P出来。尝试把退火温度降低试一下,或者换个酶,不知道片段多大,如果片段 ...

程序应该没问题,这几天我都只做这个没变过。最诡异的就是我12号那天上午做大体系有条带,下午小体系就没条带了。谢谢我试试换个酶
8楼2017-04-14 15:18:42
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risic

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by lusandanooo at 2017-04-14 15:01:01
引物负20放几个月都没事的

那请问多次冻融会影响引物质量么
9楼2017-04-14 15:34:16
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