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梦幻在玩

铜虫 (小有名气)


[交流] 关于测序的几个问题

就是一段2000bp的序列,已经连在了pbs载体上。序列基本是已知的就是为了验证一下顺便看看有没有突变之类的。学姐说现在的那个公司的测序宣传是800,实际可信的就只有600多bp。几个问题是酱紫
1,两端的测序引物似乎是公司提供的存在于载体上的引物?这是不是意味着序列的两端都是可信的,不存在引物后面一段测不准的情况呢
2,同上,如果两端的引物是在载体上,我当初扩增这段序列用的引物(还加上了保护碱基和酶切位点)就没用啦?
3,那我大概需要新设计几个测序引物呢?位置在哪里比较合适哦

刚从实验室出来,晚上想问问公司的人明天回去再和学姐多交流下,现在坐在通勤上脑袋有点晕,希望大家能帮我理一下思路。。。


补充:看了下测序公司的引物,两端分别是T7和T3。那个这俩我在数据库上看到,他们被标为promoter啊,数据库里有其他的比如M13都被标为primer.这是这俩能够当引物用的意思吗?

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[ Last edited by 梦幻在玩 on 2017-1-14 at 18:51 ]
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1,两端的测序引物似乎是公司提供的存在于载体上的引物?这是不是意味着序列的两端都是可信的,不存在引物后面一段测不准的情况呢

你学姐说的是对的,一般双脱氧测序可以测1000bp 左右,前600-800bp 是准确的,后面的序列如果出现突变不一定真的是突变,也可能是测序的原因造成的。同时,测序时,引物结合位置处的后面约50碱基左右也是不准的,所以一般不用基因特异引物测序,而在载体上设计引物测序

2,同上,如果两端的引物是在载体上,我当初扩增这段序列用的引物(还加上了保护碱基和酶切位点)就没用啦?
对于测序来说,用不上,载体上有通用引物,就用通用引物测序

3,那我大概需要新设计几个测序引物呢?位置在哪里比较合适哦

你需要再设计一条引物测序就够了,位置在约650bp处设计,加上载体的正反向通用引物,做3个测序反应够了,可以测通

刚从实验室出来,晚上想问问公司的人明天回去再和学姐多交流下,现在坐在通勤上脑袋有点晕,希望大家能帮我理一下思路。。。

补充:看了下测序公司的引物,两端分别是T7和T3。那个这俩我在数据库上看到,他们被标为promoter啊,数据库里有其他的比如M13都被标为primer.这是这俩能够当引物用的意思吗?
这两个可以当通用引物,T7 的序列是特定的

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18楼2017-01-15 04:00:51
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痞子无敌

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
18楼说的很详细了。点赞

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19楼2017-01-15 08:58:08
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梦幻在玩

铜虫 (小有名气)


引用回帖:
19楼: Originally posted by 痞子无敌 at 2017-01-15 08:58:08
18楼说的很详细了。点赞

哈?然而看不到18楼。。。

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20楼2017-01-15 10:32:28
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梦幻在玩

铜虫 (小有名气)


引用回帖:
19楼: Originally posted by 痞子无敌 at 2017-01-15 08:58:08
18楼说的很详细了。点赞

啊原来在最上面

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21楼2017-01-15 10:32:48
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梦幻在玩

铜虫 (小有名气)


送红花一朵
引用回帖:
18楼: Originally posted by gyesang at 2017-01-15 04:00:51
1,两端的测序引物似乎是公司提供的存在于载体上的引物?这是不是意味着序列的两端都是可信的,不存在引物后面一段测不准的情况呢
你学姐说的是对的,一般双脱氧测序可以测1000bp 左右,前600-800bp 是准确的,后面 ...

好哦好哦

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22楼2017-01-15 10:34:36
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chentao2楼
2017-01-14 18:27   回复  
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chentao3楼
2017-01-14 18:27   回复  
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qdbeer4楼
2017-01-14 18:28   回复  
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tableman6楼
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假大空8楼
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time889楼
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time8810楼
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l65124012楼
2017-01-14 18:56   回复  
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tan91413楼
2017-01-14 18:58   回复  
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tan91414楼
2017-01-14 18:58   回复  
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tzynew15楼
2017-01-14 19:12   回复  
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nono200916楼
2017-01-14 19:58   回复  
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dsctg17楼
2017-01-14 20:20   回复  
小兔11123楼
2017-01-15 10:54   回复  
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