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处理高通量测序数据时遇到几个问题，请高手帮忙解答
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最近处理污水反应器高通量测序的数据，之前不是搞这个方向的，有一些基本概念不是很清楚，请高手帮忙解答 （1）Unidentified和Unclassified的区别 请问这两个词是不是一个意思？就是指通过16s rRNA比对之后未能与NCBI数据中已知的序列比对成功的数量？因为我发现文献中用这两个词的都用，不知道在具体的概念上有没有差异。 （2）Unidentified数量表达的意义是什么？ 在一些文献中都会讲到，有多少序列是Unidentified，这个数据占到总序列的百分之多少，请问，这个数据说明什么呢？大或者小分别代表什么意思？是说明测序质量的么？ （3）关于相似性（similarity）和一致性（identity）的区别 在DNA序列比对的时候有这两个概念，通过查阅资料，我目前的理解是这样的： 相似性用于划分OTUs，严格的按照序列中碱基是否相同来计算。 一致性用于描述菌种之间的同源性，如果两个菌株同源，可能有很高的一致性，但是不一定相似性很高。 不知我理解的对不对。 （4）高通量测序中Unidentified是如何确定的 这个问题是与第（3）个问题相关的，是不是意味着，测定序列与数据库中所有已知种属的菌株序列进行比对，相似性（注意不是一致性）低于设定值及可认为Unidentified。 不知这个理解对不对。 以上问题请高手不吝赐教啊，拜谢！ |
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